Efek samping vasektomi jarang terjadi dan menimbulkan sedikit ancaman, dengan prosedur yang secara luas dianggap sebagai metode pengendalian kelahiran yang sangat aman dan andal. Seperti halnya prosedur bedah lainnya, rasa sakit adalah salah satu kemungkinan efek samping vasektomi, dengan peradangan dan infeksi juga mungkin terjadi. Efek samping vasektomi potensial lainnya seperti penurunan libido atau disfungsi ereksi mungkin terjadi, tetapi tidak umum dan dapat diobati. Beberapa pria mengembangkan reaksi kekebalan terhadap sperma mereka sendiri, yang mungkin berdampak pada kesehatan mereka. Namun, efek samping vasektomi yang paling parah adalah keabadiannya; tidak seperti metode kontrasepsi lainnya, vasektomi adalah tindakan seumur hidup dan tidak mudah dibatalkan.
Nyeri pasca operasi adalah efek samping yang paling mungkin ditemui. Tempat sayatan akan terasa sakit pada hari-hari setelah operasi. Rasa sakit ini akan mereda dalam waktu seminggu, dan obat penghilang rasa sakit yang dijual bebas biasanya cukup untuk mengatasi rasa sakit.
Infeksi dan peradangan adalah kemungkinan efek samping vasektomi juga. Beberapa kemerahan dan pembengkakan diharapkan, tetapi jika gejala ini tidak memudar dalam waktu seminggu atau jika disertai dengan demam, perhatian medis mungkin diperlukan. Pria juga mungkin mengembangkan granuloma, benjolan kecil non-kanker yang dibuat oleh kebocoran sperma dari vas deferens yang terputus, yang dapat mengobarkan dan menginfeksi daerah tersebut. Jika salah satu dari efek samping vasektomi ini dicurigai, konsultasi dengan dokter dianjurkan.
Reaksi imun terhadap sel sperma mungkin terjadi setelah vasektomi, dengan beberapa pria memproduksi antibodi yang menargetkan sperma. Para peneliti telah menyuarakan keprihatinan bahwa serangan tubuh pada sel-selnya sendiri dapat menyebabkan kondisi lain yang berpotensi serius, termasuk radang sendi, aterosklerosis, penyakit jantung, diabetes, multiple sclerosis dan kanker. Hasil penelitian tidak meyakinkan, dan tidak ada hubungan antara kondisi ini dan vasektomi yang telah dikonfirmasi.
Beberapa pria melaporkan penurunan minat seksual, dan beberapa melaporkan disfungsi ereksi setelah vasektomi. Namun, vasektomi tidak memengaruhi tingkat produksi testosteron, juga tidak memengaruhi sensitivitas atau fungsi fisik apa pun. Efek samping vasektomi yang berkaitan dengan dorongan seks dan disfungsi ereksi biasanya bersifat emosional, dan terapi dapat efektif dalam memperbaiki masalah ini.
Vasektomi tidak mudah dibatalkan dan harus dilakukan hanya oleh pria yang yakin tidak ingin memiliki anak lagi. Dalam beberapa kasus, pembalikan telah dicoba, tetapi prosedurnya tidak dapat diandalkan. Beberapa telah memilih untuk menyimpan air mani di bank sperma untuk berjaga-jaga jika mereka berubah pikiran, tetapi ini adalah pilihan yang mahal.
Meskipun vasektomi menawarkan kontrasepsi yang sangat andal, vasektomi tidak memberikan tingkat perlindungan yang sama seperti yang ditawarkan oleh beberapa metode lain. Vasektomi tidak, misalnya, menawarkan perlindungan apa pun terhadap penyakit menular seksual. Kandidat vasektomi yang ideal adalah pria monogami yang telah memutuskan dengan pasangannya untuk tidak memiliki anak lagi.