Sekolah yang diasosiasikan dengan kepercayaan atau agama tertentu dan/atau menyatu dengan kehidupan masyarakat beragama adalah salah satu sekolah yang disebut sekolah sektarian. Sekolah yang tidak memenuhi kriteria ini kadang-kadang disebut sekolah sekuler. Semua sekolah umum di Amerika Serikat adalah sekolah sekuler, tetapi ada banyak sekolah sektarian juga.
Sekolah-sekolah sektarian menyebarluaskan tradisi iman atau sistem kepercayaan yang terkait dengannya, serta mengajarkan mata pelajaran akademik dalam terang nilai-nilai iman. Ada tiga agama utama di Amerika Serikat yang memiliki sekolah sektarian yang terkait: Kristen, Yudaisme, dan Islam.
Kadang-kadang sekolah sektarian dapat dikenali dengan nama mereka. Sekolah-sekolah Kristen sering memiliki nama santo sebagai bagian dari nama mereka, meskipun hati-hati dengan sekolah-sekolah seperti Universitas St. Lawrence, dinamai karena kedekatannya dengan Sungai St. Lawrence. Sekolah-sekolah Yahudi dapat disebut yeshivas. Dan sekolah Islam dapat disebut sebagai madrasah, yang banyak terdapat transliterasi bahasa Inggris.
Sekolah sektarian berbeda dalam cara mereka memasukkan konsep dan nilai berbasis agama ke dalam pengajaran mereka. Departemen sekolah Kristen dan gelar menawarkan kursus sering kali terlihat sangat mirip dengan sekolah sekuler dalam hal matematika, sains, bahasa Inggris, studi sosial, dan bahasa asing. Tetapi seringkali ada departemen tambahan untuk agama dan kursus tahunan di bidang subjek itu ditambahkan ke beban kursus biasa. Pelajaran Alkitab juga sering disediakan.
Sekolah-sekolah Yahudi dapat mengintegrasikan studi Yahudi dengan bahasa Inggris, matematika, sains dan sejarah, kadang-kadang disebut studi umum. Atau, mereka dapat fokus sepenuhnya pada studi Yahudi, yang mencakup kursus yang berfokus pada Talmud, Tanakh, Ibrani, dan sejarah Yahudi.
Sekolah-sekolah Islam mungkin menyatu dengan masjid, tetapi tidak selalu demikian. Meskipun ada sekolah Islam non-denominasi, ada juga sekolah yang diidentifikasi dengan sekte Islam tertentu, termasuk Sunni tradisional dan Salafi, Syiah atau Jafari, dan Sufi. Sekolah-sekolah Islam sektarian sering menawarkan mata pelajaran yang sama dengan sekolah-sekolah sekuler, dengan tambahan mata pelajaran Al-Qur’an, studi Islam, dan bahasa asing yang tidak biasa ditemukan di sekolah-sekolah sekuler, misalnya pilihan bahasa Arab atau Persia.