Demi kesederhanaan, sistem reproduksi pria dapat dibagi menjadi bagian internal dan eksternal. Secara eksternal, sistem terdiri dari penis dan skrotum. Di dalam skrotum terdapat testis, epididimis, dan vans deferens. Bagian internal lain dari sistem reproduksi pria termasuk kelenjar prostat, kelenjar bulbourethral, dan uretra.
Penis adalah salah satu bagian yang paling dikenal dari sistem reproduksi pria, dan memiliki dua bagian utama. Glans, atau kepala penis, adalah bagian yang diyakini berkontribusi signifikan terhadap kenikmatan pengalaman seksual, dan mengandung meatus urinarius, yang merupakan lubang yang memungkinkan urin dan air mani keluar dari tubuh. Bagian kedua dari penis adalah batang, yaitu bagian silindris dari penis yang menegang dan memanjang saat gairah seksual.
Di bawah penis adalah struktur seperti kantung yang disebut skrotum. Ini berisi dua bagian berbentuk oval yang dikenal sebagai testis, yang bertanggung jawab untuk produksi dan penyimpanan sperma dan produksi testosteron. Skrotum juga menampung epididimis dan vans deferens, yang bertindak sebagai jaringan pipa untuk sistem reproduksi pria. Fungsi penting lainnya dari skrotum adalah, melalui ekspansi dan kontraksi, ini membantu mengatur suhu testis dengan memaparkannya pada panas tubuh yang lebih atau kurang.
Vesikula seminalis terletak di dekat pangkal kandung kemih. Struktur seperti kantung kecil ini terhubung ke vans deferens. Mayoritas cairan mani diproduksi oleh struktur ini. Kontribusinya kaya fruktosa dan dengan demikian menyediakan sperma dengan bahan bakar yang dibutuhkan untuk bergerak.
Kelenjar prostat adalah bagian internal dari sistem reproduksi pria. Itu terletak di bawah kandung kemih dan berperan dalam produksi air mani dengan menyumbangkan cairan yang menyehatkan sperma. Uretra adalah saluran yang membawa urin dari kandung kemih ke meatus urinarius. Lorong ini, yang berjalan melalui kelenjar prostat, juga membawa air mani. Uretra disusun sedemikian rupa sehingga tidak memungkinkan pencampuran atau pengangkutan semen dan urin secara bersamaan.
Di sisi uretra terdapat kelenjar bulbourethral, kadang-kadang disebut sebagai kelenjar Cowper. Struktur ini menghasilkan cairan bening yang sering keluar dari penis selama periode ketika seorang pria terangsang secara seksual tetapi sebelum ejakulasi. Fakta bahwa cairan diproduksi sebelum ejakulasi sangat penting, karena diyakini salah satu fungsinya adalah sebagai pelumas. Saat mengalir ke uretra, itu juga diyakini menetralkan keasaman yang mungkin dihasilkan dari urin.