Meskipun ada banyak antibiotik yang tersedia untuk mengobati infeksi bakteri, jenis tertentu dianggap yang terbaik untuk pengobatan klamidia. Dua antibiotik pilihan pertama untuk klamidia yang diresepkan oleh sebagian besar dokter adalah azitromisin dan doksisiklin. Eritromisin, ofloksasin, dan levofloksasin adalah semua obat yang mungkin juga diresepkan, dan amoksisilin terkadang digunakan untuk mengobati wanita yang sedang hamil. Setiap obat memiliki pro dan kontra dalam hal rejimen dosis, harga, dan efek samping.
Azitromisin dianggap sebagai salah satu dari dua antibiotik terbaik untuk pengobatan klamidia. Sangat mudah dikonsumsi, hanya membutuhkan dosis tunggal, dan menyembuhkan penyakit pada 95% kasus. Orang dengan kasus klamidia yang kronis dan berulang bekerja dengan sangat baik ketika diobati dengan obat ini, dan dianggap aman untuk digunakan selama kehamilan. Kerugian dari obat ini adalah cenderung lebih mahal daripada pengobatan lain, dan dapat menyebabkan mual atau muntah.
Antibiotik kedua yang paling disukai untuk klamidia adalah doksisiklin. Obat ini telah digunakan untuk pengobatan klamidia lebih lama dari yang lain dan, seperti azitromisin, memiliki tingkat keberhasilan 95% bila dikonsumsi dengan benar. Namun, dosisnya jauh lebih tidak diinginkan, karena harus diminum empat kali sehari selama tujuh hari, sehingga kemungkinan besar pasien tidak akan mengikuti rejimen dengan benar atau sampai tuntas. Ini juga dapat menyebabkan mual, muntah, dan infeksi jamur pada wanita, dan tidak boleh dikonsumsi selama kehamilan atau menyusui. Satu keuntungan yang dimilikinya adalah lebih murah daripada azitromisin.
Ada beberapa obat lain yang dapat diresepkan sebagai antibiotik untuk klamidia yang diketahui efektif dalam mengobati penyakit. Ofloxacin dan levofloxacin, dua obat serupa, memiliki tingkat kesembuhan yang sebanding dengan azitromisin dan doksisiklin, tetapi harganya lebih mahal dan memerlukan rejimen dosis tujuh hari, serta menyebabkan risiko kerusakan tendon saat digunakan. Oleh karena itu, mereka memiliki sedikit keuntungan dibandingkan obat lain tersebut. Eritromisin adalah pilihan lain; itu lebih murah daripada perawatan lain, dan wanita hamil dapat meminumnya, tetapi kurang efektif daripada beberapa obat lain, harus diminum selama tujuh hari, dan dapat menyebabkan mual dan muntah yang parah. Amoksisilin juga kadang-kadang dianjurkan untuk mengobati wanita hamil dengan klamidia, meskipun tingkat kesembuhannya tidak setinggi azitromisin dan juga harus diminum selama tujuh hari agar efektif.