Mayoritas keguguran berasal dari penyebab yang tidak dapat diidentifikasi. Sebagian besar disebabkan oleh kelainan kromosom, hormon, dan pilihan gaya hidup. Seringkali ada masalah dengan implantasi, atau usia ibu mungkin menjadi faktor. Terkadang, penolakan jaringan atau infeksi disebut-sebut sebagai penyebabnya. Ada banyak alasan untuk keguguran, dan sementara kelainan kromosom kemungkinan yang paling umum, berbagai karakteristik tentang orang tua dari anak dapat membuat faktor lain lebih mungkin.
Kelainan kromosom adalah salah satu alasan paling umum untuk keguguran. Masalah dengan kromosom hampir seluruhnya acak, meskipun gen orang tua dapat menyebabkan keguguran. Kemungkinan besar kehilangan janin disebabkan oleh sel telur atau sperma yang salah, yang mungkin tidak mewakili kualitas keseluruhan dari potensi reproduksi orang tua. Jika keguguran berulang terjadi, maka kemungkinan besar masalah genetik terletak pada salah satu orang tua.
Masalah kesehatan ibu juga merupakan penyebab umum keguguran. Kekurangan progesteron adalah masalah kesehatan yang sangat umum bagi ibu yang terkadang menyebabkan aborsi spontan. Infeksi dapat menyebabkan aborsi, tetapi ini adalah masalah yang terkadang dapat dihindari. Penyakit tertentu seperti diabetes yang tidak diobati atau sindrom ovarium polikistik menempatkan wanita pada risiko lebih tinggi mengalami keguguran, tetapi ini bukan masalah umum di seluruh populasi karena biasanya diketahui sebelum mencoba kehamilan. Usia ibu, meski bukan masalah kesehatan, juga berkorelasi dengan tingkat keguguran yang lebih tinggi.
Biasanya, gaya hidup yang memengaruhi janin secara negatif dihentikan begitu kehamilan ditemukan, jadi masalah perilaku adalah alasan yang relatif jarang untuk keguguran. Wanita yang terus melakukan aktivitas seperti merokok, minum berlebihan, dan penggunaan kafein selama kehamilan dapat mengalami keguguran pada tingkat yang lebih tinggi. Obat-obatan tertentu juga dapat mempengaruhi kehamilan. Kebanyakan wanita sangat berhati-hati untuk memastikan keselamatan janin, yang membuat alasan keguguran ini semakin jarang.
Banyak kegiatan yang biasa diadakan untuk menyebabkan keguguran sebenarnya cukup aman. Wanita dapat terus bekerja, berolahraga, dan melakukan hubungan seksual tanpa menimbulkan risiko tambahan pada janin. Bahkan alasan seperti trauma ibu tidak mungkin menyebabkan keguguran, karena pada tahap awal kehamilan, janin sangat dilindungi oleh tubuh ibu. Hanya trauma serius dan aktivitas ekstrem yang mungkin menyebabkan keguguran.
Sementara alasan tertentu untuk keguguran lebih umum di dunia, ketika melihat kelompok tertentu, alasan yang berbeda naik ke urutan teratas daftar. Misalnya, di antara kelompok yang biasanya melakukan aktivitas berisiko tanpa akses ke perawatan medis, seperti pecandu narkoba, pilihan gaya hidup adalah salah satu alasan yang lebih umum untuk keguguran. Faktanya, kelompok yang berbeda memiliki tingkat keguguran yang sangat berbeda, yang dapat memberi ibu perkiraan yang salah tentang risikonya. Jika orang tua merasa khawatir tentang kemungkinan keguguran, konsultasi dengan dokter biasanya dapat memberikan perkiraan keamanan yang wajar.