Att välja det bästa mjölk- och äggproteinpulvret beror på en mängd olika tillstånd, inklusive allergiframkallande reaktioner och bearbetningsmetoder för varje pulver. Många gånger bestämmer sig människor för att välja ett proteinpulver med både mjölk- och äggprotein för att öka effektiviteten och mängden protein som tas emot, men detta ökar inte nödvändigtvis fördelarna på grund av medföljande ingredienser i proteinpulvret. Ett bodybuilding-tillägg som hjälper till med muskeltillväxt bör väljas för att ge lämpliga näringsämnen för både muskler och hela kroppssystemet. Vissa väljer att köpa sitt mjölk- och äggproteinpulver i ekologiska versioner för att undvika bekämpningsmedel och onaturliga ingredienser, men inga studier har visat att detta ökar muskelstyrkan eller massan.
Både mjölk- och äggproteinpulver kan ge en utmärkt källa till komplett protein som inkluderar alla essentiella aminosyror som behövs för kroppen. Ägg och mjölk är dock mycket allergiframkallande, vilket gör det till en olämplig proteinkälla för de som är känsliga för någon av produkten. Laktos, det naturliga sockret som finns i mjölk, kan ge ett antal oönskade effekter i kroppen för dem som är laktoskänsliga eller intoleranta, såsom kramper eller utslag. Det är alltid bäst att läsa ingredienserna i mjölk- och äggproteinpulvret som köps för att säkerställa att det inte finns några ämnen som kommer att orsaka en negativ reaktion.
En annan bra väg att ta när man väljer det bästa mjölk- och äggproteinpulvret är att avgöra om produkten innehåller tillsatt socker för att öka palpabiliteten. Socker behövs inte av kroppen i någon mängd, och kan faktiskt minska muskel- och benmassan. Vissa tillverkare kan blanda både mjölk- och äggproteinpulver tillsammans, snarare än att sälja dem separat, för att främja pulvret som mycket mer protein. Detta kan dock visa sig vara en illusion från tillverkarens sida, eftersom individuella portionsstorlekar kan innehålla samma mängd proteinpulver som enskilda mjölk- eller äggproteinpulver.
Friska individer som väljer att köpa ett proteinpulver kan välja att köpa ett som är certifierat ekologiskt, eller ett som inte har behandlats med kemikalier och bekämpningsmedel och inte innehåller några konstgjorda tillsatser. Detta kommer att minska belastningen av bekämpningsmedel på kroppen, men inga bevis stöder denna väg för att öka effektiviteten av proteinpulvret. Proteinpulver har visat sig öka och bibehålla muskelmassan, oavsett om det är ekologiskt eller inte. Organiska proteinpulver kan också innehålla socker, vilket gör det viktigt att läsa ingrediensetiketten.