Att ta hand om en cypressbonsai kan bero på den speciella trädart som väljs, eftersom det finns mer än 100 olika stammar av cypress tillgängliga för träning som bonsai. Populära versioner av cypressbonsai inkluderar Lawson – Chamaecyparis lawsoniana, den japanska Hinoki – Chamaecyparis trubbig och den japanska Sawara – Chamaecyparis pisifera. En annan vanlig typ av cypressbonsai som rekommenderas för nybörjare, även om den inte är en riktig cypressart, är kal- eller träskcypress – Taxodium distichum. Att ta hand om cypresser kan därför variera, eftersom vissa föredrar torra klimatförhållanden som den japanska Hinoki, och vissa är inhemska i sumpområden och föredrar en konsekvent våt miljö som den kala cypressen. Som en allmän regel är dock cypresser lätta att odla som bonsai, så de har blivit ett mycket populärt val från och med 2011, och är träd som föredrar fullt solljus och regelbunden befruktning.
De flesta typer av cypresser är relativt tåliga, så de är bra bonsai-exemplar, eftersom att anpassa ett träd till en bonsai-livsstil kan vara en påfrestande process för trädet. När det gäller vattningsfrekvensen är Hinoki-cypressen den art som kräver de torraste förhållandena. Jorden för Hinoki bör vara fuktig för det mesta, men det är en torka-tolerant art som kan överleva kallare och torrare förhållanden än andra cypressbonsai. Längs detta spektrum kräver Sawara-cypressen mer vatten, eftersom den är hemma i fuktiga områden, och den kala cypressen kräver ett nästan konstant tillstånd av våt jord eftersom den är hemma i träskmarker. Sawara och kala cypresser kan också dö om de utsätts för kalla förhållanden och måste övervintras i växthus.
Bonsai i allmänhet kan vara utsatta för mer frekventa attacker av skadedjur och sjukdomar än deras motsvarigheter i det vilda på grund av de begränsade förhållanden under vilka de odlas. Medan Hinoki-trädet är ganska motståndskraftigt mot skadedjur och sjukdomar, attackeras Sawara- och Baldcypresserna ofta av rotbladlöss och har ömtåliga grenar som bör beskäras genom att nypa med fingrarna istället för att skära för att förhindra onödig skada på träden. Lawsoncypressen, som är en av de mest populära stammar av cypressbonsai som odlas, kräver också konstant fuktig jord som Sawara, men inte vattentäta förhållanden som den kala cypressen tenderar att njuta av. En av de odlingsförhållanden som är gemensam för alla populära cypressbonsai är att de alla föredrar fullt solljus, vilket ofta gör att själva bonsaibehållarna sköts bäst utomhus.
Den kala cypressen har fått sitt namn från det faktum att det är ett unikt lövträd som tappar sina nålliknande blad på vintern. Bladverket blir först orange och sedan brunt, vilket i andra cypressbonsai skulle tyda på att trädet håller på att dö. I den kala cypressen är detta en naturlig hösthändelse. Att bestämma rätt vattennivå för den kala cypressen kan också göras genom att se efter hängande effekter på nytt blad, vilket indikerar att den behöver mer vatten.
Att plantera cypressbonsai rekommenderas också att upprepas vartannat till vart tredje år för alla arter, även om vissa växer snabbare än andra. Hinoki tenderar att växa långsammast, så den kan planteras om mer sällan än sorter som Sawara. Den kala cypressen växer snabbast och kan planteras om på ett säkert sätt varje år. Eftersom barken på cypressbonsai kan vara ömtålig måste man också vara försiktig med att koppla träden för att växa till speciella former. När vajern blir tät ska den tas bort och ersättas med lösare lindningar eller inga alls.