Medan en MHTML-kodad fil innehåller delar som är ren HTML-kod, kan komplikationer uppstå när man försöker konvertera MHTML till HTML. Flera program kan läsa MHTML – eller Multipurpose Internet Mail Extensions (MIME) HyperText Markup Language (HTML) – filer och härledda format, men en speciell typ av program krävs för att konvertera och skriva filens innehåll till HTML. Problem kan uppstå eftersom digitala data från webbplatsen är kodade i filen och att rekonstruera webbplatsen med korrekta länkar till all information lokalt kan vara en svår uppgift. Det finns program för de flesta operativsystem som tillåter MHTML till HTML-konverteringar, även om extra arbete kan krävas från användarens sida.
Det primära problemet för att konvertera filer från MHTML till HTML är de binära data som skrivs i filen. Data sparas på ett sätt som gör att MHTML-filen kan läsas och visas av en webbläsare, men det gör det inte lätt att konvertera samma fil. MHTML lagras som en slags inbäddad kod som använder olika variabler för att hålla ordning på var de digitala filerna finns. Den binära informationen, till exempel en bild som är online, lagras på den ursprungliga webbplatsen med länkar till onlineplatserna. Denna information tas bort och översätts till lokala variabler med MHTML-filer, vilket gör det svårt att faktiskt matcha det binära mediet till dess rätta plats och formatering i HTML-dokumentet.
Det finns få program som kan konvertera MHTML till HTML. Det finns plug-ins och andra tillägg som kan tillåta ett program att ladda, redigera och sedan återspara filen till MHTML, men det finns bara en handfull fristående program som försöker konvertera den till HTML. Dessa program kräver ofta att användaren tittar på koden för att reda ut var de binära filerna ska placeras i koden, så att de kan rekonstruera sidan från arkivet.
Alla webbsidor kan inte sparas korrekt som en MHTML-fil. En mängd olika komplexa format som kan bäddas in som media på en webbplats kommer inte att sparas ordentligt, om alls. Detta inkluderar Java®-appletar, strömmande media och många skript som förlitar sig på andra filer på servern som webbdatorn inte har tillgång till.
Det mest effektiva sättet att konvertera MHTML till HTML är att hitta fristående program och plugin-program som stegvis konverterar filerna från ett format till ett annat och, slutligen, eventuellt till HTML. Vissa operativsystem har inte ens stöd för MHTML-filer i sina egna webbläsare. Om allt annat misslyckas är det möjligt att manuellt avkoda den binära MIME-informationen i filen för hand med en bas 64-avkodare, extrahera endast HTML-koden och försöka manuellt rekonstruera webbplatsen som finns i arkivet, men denna process skulle vara mycket arbetskrävande.