Även om det inte finns något idiotsäkert sätt att helt undvika matförgiftning från skaldjur, finns det åtgärder att vidta för att göra konsumtionen relativt säker. Matförgiftning från skaldjur inträffar oftast när man konsumerar skaldjur från vatten som kan vara förorenat av röda tidvatten eller som nyligen har förorenats. Den kommersiella skaldjursindustrin är reglerad och verksamheten inspekteras regelbundet, vilket gör de flesta kommersiellt beredda skaldjur säkra att äta. De flesta matförgiftningar från skaldjur inträffar när amatörer samlar in och äter kontaminerade skaldjur. Det är också riskabelt att äta råa eller dåligt tillagade skaldjur.
Precis som alla andra livsmedel kan skaldjur bli förorenade med bakterier och skadliga mikroorganismer genom felaktig hantering. Skaldjur bör alltid hämtas från välrenommerade källor. Ät aldrig skaldjur om du är osäker på källan. Alla skaldjur bör tillagas med tvättade händer och rena redskap och på en ren arbetsyta. Att tillaga skaldjur ordentligt kommer att döda många skadliga mikroorganismer.
Ibland kan skaldjur innehålla gifter som är värmestabila och inte kan avlägsnas genom tillagning. Det är bäst att undvika att äta skaldjur under varma sommarmånader, särskilt om röda tidvatten har varit svåra. Under en röd tidvatten blir populationer av växtplankton så många att deras kroppar gör att vattnet ser rödaktigt ut. Naturliga gifter produceras som kan intas av skaldjur. Eftersom skaldjur är filtermatare kan deras kroppar samla gifter och orsaka sjukdomar för människor eller djur som äter dem.
Matförgiftning från skaldjur kan också inträffa när skaldjur är kontaminerade med hepatit A- eller Norwalk-virus. Dessutom finns det fyra erkända typer av skaldjursförgiftning från naturlig toxinansamling. Amnesiac och neurotoxisk skaldjursförgiftning kan orsaka sjukdom, men det finns inga kända dödsfall. Ett utbrott av amnesiac skaldjursförgiftning 1987 i östra Kanada hade en dödlighet på 3 procent. Paralytisk skaldjursförgiftning är den mest dödliga, med en dödlighet på 1 till 12 procent.
Vissa populationer löper ökad risk för matförgiftning från skaldjur. Dessa inkluderar barn och äldre, särskilt om de har ett nedsatt immunförsvar. De flesta fall av skaldjursförgiftning går över av sig självt, men läkarvård bör sökas om man misstänker matförgiftning från skaldjur. Symtom från vissa typer av förgiftning kan uppträda inom några minuter efter att ha konsumerat skaldjur och inkluderar stickningar eller sveda i läppar och tunga, illamående och buksmärtor. Andra typer av skaldjursförgiftning, som hepatit A, kan ta flera veckor innan symtomen uppträder.
Även om förekomsten av röda tidvatten fortsätter att öka, är det viktigt att komma ihåg att de flesta skaldjurskonsumtion är helt säker. Eftersom kommersiellt erhållna skaldjur är föremål för strikta regler för praxis, fortsätter allmänheten att njuta av skaldjur utan överdriven oro. I allmänhet tenderar de näringsmässiga fördelarna med att konsumera skaldjur att uppväga alla risker för förgiftning, särskilt om skaldjur erhålls kommersiellt och tillagas noggrant.