Botemedel mot bakteriell vaginos är vanligtvis i form av antibiotika. Ibland försvinner bakteriell vaginos av sig själv utan någon medicinsk behandling. Människor som behöver botemedel mot bakteriell vaginos ordineras normalt antingen metronidazol eller klindamycin, som är två typer av antibiotika. Båda dessa antibiotika kommer i pillerform eller i form av krämer som sätts in i slidan. De flesta bakteriella vaginosinfektioner försvinner i allmänhet inom två eller tre dagar efter att antibiotikabehandlingen påbörjats, men läkare brukar råda kvinnor att ta sina antibiotika i minst en vecka även om deras symtom upphör.
Många kvinnor som har bakteriell vaginos upplever inga symtom, och av denna anledning kanske de inte inser att de har infektionen. Det faktum att bakteriell vaginos ibland försvinner av sig själv betyder att det finns några kvinnor som kanske inte är medvetna om att de någonsin har haft det, särskilt om symtomen inte var närvarande. En kvinna bör inte skjuta upp behandlingen för bakteriell vaginos eftersom hon tror att hennes infektion kommer att försvinna utan behandling. Även om bakteriell vaginos ibland försvinner utan behandling, kan det bli mycket värre innan det blir bättre. Det anses vanligtvis vara bäst att träffa en läkare eller gynekolog så snart symtom på bakteriell vaginos uppträder så att problemet inte förvärras.
En läkare utvärderar vanligtvis en kvinnas symtom förutom att utföra en bäckenundersökning innan han ordinerar botemedel mot bakteriell vaginos. Symtomen på bakteriell vaginos liknar ofta symtom på svampinfektion, och av denna anledning kan många kvinnor tro att de har en svampinfektion. Det är ofta inte förrän en kvinna försöker behandla sin bakteriella vaginos med receptfri jästinfektionskräm som hon inser att hon har ett annat problem eftersom jästinfektionsmedicinen är ineffektiv mot bakteriell vaginos. Läkare kan normalt utföra en bäckenundersökning och få ett prov av flytningar från slidan för att kontrollera om det finns tecken på bakteriell vaginos. Provet som en läkare tar kommer att visa bakterierna som finns i flytningen om en kvinna har bakteriell vaginos snarare än en svampinfektion.
Antibiotikakurer mot bakteriell vaginos är ofta effektiva omedelbart. Symtomen börjar normalt försvinna efter den första dagen eller två av att ta antibiotika. Antibiotika ges normalt i form av krämer eller geler som ska föras in i slidan. Gravida kvinnor med bakteriell vaginos ordineras vanligtvis antibiotika i pillerform eftersom det kanske inte är säkert för foster att föra in medicinen i slidan under graviditeten. Om antibiotikan inte tas under hela den tid de ordinerats finns det en chans att infektionen kommer tillbaka.