Sprayning av bekämpningsmedel kan vara farligt för människor, vilket nästan vilken burk som helst med insektsdödare som säljs i järn- eller hemförbättringsbutiker kommer att intyga. De flesta bekämpningsmedelsmärken rekommenderar noggrann sprutning eller appliceringsmetoder och innehåller varningar om användning. Storskalig besprutning som kan äga rum på gårdar kan också vara farligt, vilket framgår av ett antal hälsoproblem såsom utveckling av cancer i högre frekvens bland lantarbetare och bland dem som bor nära gårdar.
Det som inte alltid kan fastställas är mängden fara som sprutning av ett bekämpningsmedel orsakar. Detta är delvis varför många stora gårdar fortfarande använder dessa ämnen för att skydda grödor, och varför många trädgårdsmästare också använder dem. Det finns dock tydliga bevis för att vissa bekämpningsmedel inte nödvändigtvis försvinner. De kan finnas kvar på maten långt efter att de har sprayats, och de kan utgöra potentiella hälsorisker för hela samhället av människor och djur.
Många människor uppmärksammades på de potentiella farorna med bekämpningsmedel när studier av produkten DDT (diklor-difenyl-trikloretylen), som användes flitigt som bekämpningsmedel fram till 1970-talet, visade att denna produkt påverkade människor och djur. För människor kan DDT orsaka ökad risk för levercancer, andningsproblem, skador på centrala nervsystemet och svårigheter med reproduktion. Vissa fågelpopulationer förstördes nästan av den utbredda användningen av denna kemikalie, och 1972 förbjöd ett antal länder användningen, även om det fortfarande finns några som använder den. Kemikalien ansågs säker men bevis visade att den förorenade vatten, kunde hittas i fisk som åts och till och med fanns i bröstmjölk.
Andra bekämpningsmedel som används idag kan anses säkrare än DDT, men det finns många miljögrupper som argumenterar för motsatsen och som har betydande testdata för att visa effekter på människor och deras miljö. Dessutom är det viktigt att förstå att även om ett bekämpningsmedel inte har direkt effekt på en människa, kan det fortfarande utgöra fara för människor. När kemikalier är utformade för att minska insektspopulationen kan de skapa ett miljöproblem för alla arter. Minskade insektspopulationer kan leda till minskade djurpopulationer som livnär sig på dem, och detta kan i slutändan i hög grad påverka näringskedjan eller hur en miljö fungerar för att upprätthålla alla arter.
Naturligtvis är de flesta bönder motiverade att spraya bekämpningsmedel eftersom det hjälper till att öka kvaliteten och kvantiteten av grödor, och vissa bekämpningsmedel skyddar mänskliga populationer genom att eliminera vissa insekter som kan utgöra hälsorisker. Å andra sidan tyder bevis på att det helt enkelt inte är tillräckligt känt om de många bekämpningsmedel som används och deras långtgående miljöeffekter. Även säkrare bekämpningsmedel som används i godkända ekologiska tillämpningar kan ha en viss effekt på människors, växt- eller djurpopulationer, och det råder mycket tvist om vad som egentligen är ekologiska jordbruksmetoder.
En annan faktor som måste vägas är att vissa människor kan vara mycket mer känsliga för vissa kemikalier än andra. Frågan om huruvida sprutning av ett bekämpningsmedel är farligt för människor kan vara mycket individualiserad. Vissa människor kan t.ex. inte bo nära områden där stor användning av bekämpningsmedel förekommer på grund av miljösjukdom som gör dem mycket sjuka när kemikalier används för att bekämpa skadedjur.
Miljövänner förespråkar att kraftigt minska och/eller helt eliminera kemisk sprutning. Andra söker en medelväg, där den mesta användningen av bekämpningsmedel skulle minska eller mycket strikt kontrolleras. Ännu andra grupper tror att de flesta bekämpningsmedel som används idag är säkra för människor. Bevis på detta område tenderar dock inte alltid att stödja denna uppfattning.