Vissa kvinnor tar ondansetron under graviditeten för att kontrollera illamående på morgonen. Klassificerat av US Food and Drug Administration (FDA) som ett graviditetskategori B-läkemedel anses det i allmänhet vara säkert för att lindra illamående under graviditet. Det bör dock endast tas när det är nödvändigt, till exempel när kvinnan inte kan hålla ner maten på grund av extremt illamående. I sådana fall anses eventuella negativa effekter av ondansetron vanligtvis vara bättre än de skador som kan drabba fostret om det inte får lämpliga näringsämnen från modern. Av denna anledning uppmuntras gravida kvinnor att diskutera för- och nackdelar med sin läkare innan de tar detta läkemedel.
Ondansetron klassificeras som ett graviditetskategori B-läkemedel eftersom inga kontrollerade studier har genomförts med gravida kvinnor från och med 2011. Forskare har dock genomfört studier på djur för att ta reda på effekterna av ondansetron under graviditet. Enligt resultaten har detta läkemedel inte orsakat skadliga effekter på djurfoster. Med detta sagt, djur reagerar inte alltid på droger på samma sätt som människor gör, varför det är svårt att säga säkert att ondansetron under graviditeten inte skadar fostret. Med det i åtanke kommer läkare inte att erbjuda detta läkemedel om de inte är säkra på att deras gravida patienter behöver det av hälsoskäl.
Den främsta anledningen till att många läkare fortfarande skriver ut ondansetron trots brist på studier som involverar människor är att den lilla chansen för negativa effekter ofta är bättre än alternativet. Till exempel lider vissa kvinnor av hyperemesis gravidarum under graviditeten, vilket innebär att de kan kräkas upp nästan allt de äter. Kvinnor som drabbas av detta tillstånd kan vanligtvis inte hålla vätskan nere heller, vilket innebär en risk för uttorkning. Detta, i kombination med bristen på näringsämnen som orsakas av att kräkningar de flesta livsmedel, kan allvarligt skada både mamman och fostret. Uttorkning och undernäring är båda kända för att vara skadliga, medan ondansetron under graviditet inte har några kända skadliga effekter, så att ta det senare brukar anses vara det bästa alternativet.
De flesta kvinnor som tar ondansetron under graviditeten behöver det bara under den första trimestern, då de är mest benägna att drabbas av illamående på morgonen. Vissa kvinnor behöver det dock under hela graviditeten. I sådana fall kommer deras läkare sannolikt att omvärdera situationen vid varje prenatalt möte för att avgöra om fördelarna med ondansetron under graviditet fortfarande överväger de möjliga riskerna. De flesta kvinnor upphör att behöva detta läkemedel när graviditeten är slut, vilket sannolikt är bra för ammande mödrar, eftersom det är okänt om läkemedlet passerar genom bröstmjölken.