Liksom många andra läkemedel har antibiotika haft en bevisad gynnsam effekt, och hjälper till att avvärja bakterieinfektioner som en gång var svåra att behandla. Det har dock funnits en växande oro för att överanvändning av antibiotikabehandlingar har skapat farliga antibiotikaresistenta bakteriestammar. En annan viktig källa till kontrovers har varit användningen av antibiotika från livsmedelsindustrin, för att stärka boskapen och öka produktionen, vilket har lett till oro över negativa effekter på djurs och människors hälsa. Liksom alla medicinska behandlingar kan antibiotika ha negativa biverkningar, som kan vara resultatet av allergiska reaktioner, felaktig användning eller oavsiktlig dödande av goda bakterier tillsammans med dåliga. När mänskligheten lär sig mer om deras fördelar och nackdelar, lär sig samhället och det medicinska samfundet hur man skräddarsyr användningen av antibiotikabehandlingar för att säkerställa att de har den hälsosammaste effekten.
Upptäckten av antibiotikaläkemedel på 20-talet var en vattendelare för samhället och det medicinska samfundet, i paritet med upptäckten av vaccinationer. Medan vaccinationer besegrade dödliga virussjukdomar som människor var ganska maktlösa att motstå, såsom polio, influensa och tendinit, gav antibiotika ett sätt att döda dåliga bakterier som orsakade tidigare försvagande och potentiellt dödliga infektioner, såsom tuberkulos, hjärnhinneinflammation och lunginflammation. Dödligheten på grund av bakterieinfektion sjönk avsevärt och befolkningen blev friskare. Ändå, när läkarna började skriva ut rekordstora mängder antibiotika för att behandla sjukdomar, blev det uppenbart att det kan finnas nackdelar med deras överanvändning.
När antibiotika blev mer populärt kom patienterna att se dem som en vanlig del av livet och läkarna skrev ut dem i rekordstora mängder. Detta ledde till ett oförutsett problem: vissa bakterier började utvecklas och växa immunitet mot antibiotikabehandling. Förmågan för bakterier att mutera som svar på behandling har kallats antibiotikaresistens. Sjukdomar som en gång verkade slås ut för gott av antibiotika gjorde ett uppsving. Det var inte så att antibiotika plötsligt var ineffektiva, men en del av deras styrka hade gått förlorad. Detta var inte bara ett resultat av överanvändning och överförskrivning, utan av missbruk. Samhället hade i viss mån kommit att se antibiotika som ett bandage för allt, även virussjukdomar som de inte kunde behandla. Som ett resultat uppmuntrar dagens medicinska samhälle användning av antibiotika endast när det är absolut nödvändigt, i hopp om att behandlingarna ska förbli effektiva.
Användningen av antibiotika från livsmedelsindustrin har också skapat oro. Det agrara samhället började använda antibiotika hos djur av samma anledning som människor använder dem: för att behandla bakteriesjukdomar. Med tiden blev det dock uppenbart att antibiotika kunde orsaka viktökning hos djur. Med kor, till exempel, uppgick den extra vikten till betydande vinster för vissa ranchägare och bönder. Forskning har visat att överanvändning av antibiotika hos djur har lett till superbugs, eller antibiotikaresistenta bakterier, som kan intas av människor när de äter kött. Så är fallet, en matrelaterad sjukdom hos en person kanske inte kan behandlas med antibiotika. Det finns också oro för de negativa hälsoeffekterna på djur. Respekterade medicinska röster som Världshälsoorganisationen (WHO) har uppmanat samhället att överväga riskerna med antibiotika hos djur och att begränsa användningen av dem.