Flygbolagens kundnöjdhet påverkas av många faktorer, men i grunden skiljer sig denna typ av kundnöjdhet inte från någon annan verksamhet. Problematiskt är att flygbolagen påverkas av många regler och tillhandahåller en tjänst som är mycket komplex, så alla faktorer som påverkar kundnöjdheten ligger inte helt inom flygbolagets kontroll. Som sådan försöker många flygbolag att kompensera skillnaden genom att tillhandahålla exceptionell kundservice och komfort och genom högkvalitativ presentation. Kundens uppfattning om vem som ska skyllas för problem när de flyger är dock vanligtvis inte informerad av en förståelse för flygbranschen, och en viktig faktor som påverkar flygbolagets kundnöjdhet är hur listigt flygbolaget hanterar problem som kanske inte ens är företagets fel.
I de flesta fall påverkas flygbolagets kundnöjdhet djupast av kundservice och klagomålshantering. Resor är stressande och ett problem med kundservice kan leda till mycket dåliga betyg för flygbolagens kundnöjdhet även om själva resan är bekväm och fri från förseningar. Minskning av flygtjänster kan också påverka ett flygbolags kundnöjdhet negativt, men problemet med dessa tjänster är främst att människors förväntningar inte uppfylls. När en tidigare inkluderad vara tas bort, sjunker vanligtvis kundnöjdheten, även om priset på den totala tjänsten också sjunker.
Flygbolagets kundnöjdhet påverkas också av faktorer utanför flygbolagets kontroll. Säkerhetsregler, väderförseningar och många andra problem kan påverka kundnöjdheten. Resor som är försenade, oavsett orsak, minskar vanligtvis tillfredsställelsen totalt sett, och skulden läggs på flygbolaget snarare än den faktiska orsaken. I de flesta fall anser flygbolag att säkerhet och laglighet är viktigare än kundnöjdhet.
Planets faktiska struktur kan påverka kundnöjdheten för flygbolag, eftersom mycket av den tid som en passagerare tillbringar att flyga är i ett säte. Benutrymme och sitskomfort är inte alltid viktiga faktorer för passagerarna, men de flesta känner sig mindre stressade när de flyger bekvämt. Stress kan minskas med flygtjänster som filmer, men väldigt få tjänster kan kompensera för fysiskt obehag när man flyger.
Det är ibland svårt att mäta faktisk kundnöjdhet för flygbolag på sätt som är objektiva. Många resenärer klagar på att flyga, men de flesta passagerare skulle fortfarande välja flygresor framför andra former av transport. Även när tillfredsställelsen förändras från år till år speglar detta inte alltid förändringar i tjänsterna, som det kan göra i andra branscher. Även om flygning är en affärsverksamhet, är säkerheten för alla resenärer viktigare än den individuella bekvämligheten för varje resenär. Ibland måste flygbolagen kompromissa med passagerarnas komfort och tillfredsställelse för att förbli i drift.