Isoflavoner sägs ha olika fördelar, men de kommer också med vissa biverkningar som kan vara besvärande och till och med farliga för dem som tar detta ämne. Vissa biverkningar av isoflavoner drabbar främst kvinnor, eftersom gravida kvinnor och de som har kämpat mot bröstcancer vanligtvis löper störst risk att uppleva negativa effekter. Vilken kvinna som helst kan dock påverkas av värmevallningar och viktökning när de tar isoflavoner. Män, å andra sidan, kan märka en minskad libido, infertilitet och minnesförlust när de tar isoflavontillskott. Andra biverkningar av isoflavoner kan påverka både kvinnor och män, där diarré, matallergier och huvudvärk är några av de vanligaste problemen.
Vissa biverkningar är specifika för kvinnor, eftersom isoflavoner kan påverka hormonbalansen i den kvinnliga kroppen, vilket leder till några negativa konsekvenser. Till exempel avskräcks de som har en historia av bröstcancer vanligtvis från att ta isoflavoner eftersom de kan stimulera bröstcancerceller som redan kan finnas. Isoflavoner sägs också störa läkemedel för behandling av bröstcancer, men kvinnor utan en historia av denna typ av cancer anses vanligtvis vara säkra från denna möjliga biverkning. Ett ytterligare bekymmer är att isoflavoner kan vara skadliga för ofödda barn, som behöver en specifik balans av hormoner för att utvecklas ordentligt i livmodern, så gravida kvinnor brukar rekommenderas att hoppa över denna typ av tillskott. Alla kvinnor är mottagliga för viktökning och värmevallningar som kan komma med isoflavoner, så kvinnor rekommenderas att se till att de möjliga fördelarna uppväger de möjliga biverkningarna.
Män kan också uppleva vissa biverkningar av isoflavoner som kvinnor kanske inte får, eftersom de två vanligtvis har olika hormonbalans. En av de största biverkningarna hos män är en minskad libido, eftersom ökat östrogen kan leda till minskade testosteronnivåer, vilket också kan leda till infertilitet. Ytterligare biverkningar för män kan vara trötthet, minnesförlust och nedsatt kognitiv funktion. Många studier visar att kvinnor inte upplever dessa biverkningar av isoflavoner, så män bör ha detta i åtanke innan de tar detta ämne baserat på positiva recensioner från kvinnor.
Vissa biverkningar av isoflavoner påverkar både män och kvinnor. Vissa människor blir förstoppade när de tar sojaisoflavoner, medan andra kan ha diarré och orolig mage. Huvudvärk och en känsla av yrsel är också några negativa effekter av isoflavoner. Det är också möjligt att detta ämne orsakar njursten, matallergier och problem med sköldkörteln, så personer som bestämmer sig för att ta isoflavoner rekommenderas att hålla utkik efter dessa biverkningar.