Att ha en onlinenärvaro är en nödvändighet för många företag, men marknadsföring av den onlinenärvaron har vissa nackdelar och undergångar som kan övertala företaget att använda sin annonsbudget på andra marknadsföringsmetoder. En av nackdelarna med onlineannonsering är att många annonser ses som spam, och det finns blockerare för att skydda mot annonserna. Dessutom har många webbplatser annonser, så kunder upplever reklamtrötthet eller blindhet och kanske inte ser annonsen. Webbplatser saknar den förstahandsupplevelse som en butik erbjuder, vilket kan leda till hög avkastning på försäljningen som härrör från onlineannonsering. Nackdelarna med onlineannonsering uppstår också från kostnaden, och ofta låg avkastning, för onlineannonser.
De flesta användare anser att många av onlineannonseringarna, särskilt popup- och popunderannonser, är skräppost. Detta orsakar flera problem för verksamheten. Eftersom annonserna ses som skräppost vägrar många användare att komma i kontakt med dem och tänker istället bara på dem som irriterande. Ett annat problem är att det finns program, ofta inbyggda i webbläsaren, som blockerar dessa annonser, så att företaget kanske betalar för annonser som kunderna aldrig ens ser. Dessa nackdelar med onlineannonsering kan spela över i företagets fysiska närvaro, eftersom om annonserna är tillräckligt irriterande kan kunderna associera den irritationen med företaget.
Webbplatsägare vill tjäna pengar och om de inte säljer en produkt visar de troligen annonser. Denna utbredda annonsplacering har lett till annonströtthet eller blindhet. Med detta villkor, även om annonser finns på webbplatsen, ser eller erkänner inte kunden dem medvetet; detta gäller särskilt erfarna internetanvändare och kunder som bara är intresserade av att läsa specifik information på webbplatsen. Detta resulterar återigen i att företag betalar för annonser som kanske aldrig kommer att ses.
Med TV, radio och tryckt reklam leder reklam kunden in i en butik så att han eller hon kan prova kläder eller titta närmare på en produkt. När någon klickar på en onlineannons förs de till en webbplats där bilder på produkter visas, men kunden kan inte få samma förstahandsupplevelse. Webbplatsen kan leda till att kunder gör ett köp, men det kan också leda till höga avkastningsgrader, eftersom kläderna kanske inte passar ordentligt eller att produkten inte är så bra som den verkade, bland annat.
Kostnader och låg synlighet trots omfattande spridning är nackdelar med onlineannonsering. Företag betalar ofta för annonser som kunderna inte ser, och klickfrekvensen — den hastighet med vilken användare klickar på en annons för mer information &dmash; är bara runt 1 procent eller 2 procent. Även om företaget bara använder CPC-annonser (kostnad per klick) som gör att företaget bara kan betala när någon klickar på annonsen, finns det ingen garanti för att kunden kommer att köpa från webbplatsen efter att ha klickat.