Tillsammans med mun och svalg är matstrupen början på en lång matväg i kroppen. Beläget framför ryggraden men bakom luftröret och hjärtat, är detta rörs primära uppgift att transportera mat, via små sammandragningar som kallas peristaltik, från en ringmuskel längst ner i halsen genom en annan ringmuskel i magen nedanför. En annan roll för matstrupen i matsmältningssystemet är att smörja in maten med slem när den tar sig ner till tarmen.
Innan man kommer till matstrupen i matsmältningssystemet är maten vanligtvis väl förberedd för inträde. Det är inte bara krossat och rundat vid de vassa kanterna med så många som 32 tänder, utan det knådas också igenom av munns saliv. Denna vätska innehåller de enzymer, smörjmedel och syrareducerande medel som behövs för att börja reducera maten till en lång formbar limpa när den når den övre esofagusfinktern längst ner i halsen, eller svalget.
När den är inkopplad under en svälj öppnas denna initiala ringmuskel medan den intilliggande epiglottis stänger luftstrupen som leder till lungorna. Detta är matstrupens första jobb i matsmältningssystemet – att hindra människor från att andas mat eller vatten. När maten väl har tagit sig in i matstrupen stängs ringmuskeln och epiglottis släpper sitt grepp om luftstrupen.
När maten rör sig nerför den cirka 8-tums (cirka 0.2-meter) matstrupen, vadderas den av fyra lager av sammandragande vävnad kantad med slem. Det innersta lagret kallas tunica mucosa, följt av tunica submucosa, tunica muscularis och slutligen tunica serosa på utsidan. Dessa två yttre skikt av matstrupen drar ihop sig tills maten når den nedre esofagusfinktern och kan komma in i magsäcken, strax under hjärtat. De två inre lagrens roll är att fukta maten och skydda de två yttre lagren.
Mat lämnar matstrupen i matsmältningssystemets resa för att komma in i ett surt, denaturerande bad av magsaft i magen, följt av tjock- och tunntarmen, sedan tjocktarmen och ändtarmen. Längs vägen bryter tarmkanalens enzymer och bakteriekolonier ner maten till cellulära beståndsdelar, som sedan kan absorberas för att ge de näringsämnen som behövs för att överleva. Matstrupen har däremot inga absorberande egenskaper.
Olika sjukdomar i matstrupen kan utvecklas, särskilt för rökare eller storkonsumenter. Halsbränna och matsmältningsbesvär är vanliga problem. Vissa upplever skador på esofagussfintrarna, vilket resulterar i sura uppstötningar. Andra kan utveckla cancer i matstrupen.