Aktivt kol har använts för att behandla medicinska åkommor i århundraden. För närvarande skiljer sig användningen av aktivt kol beroende på om de är godkända av läkare eller alternativmedicinare. Studier av effektiviteten av behandlingar med aktivt kol har genomförts och doseringar har standardiserats för vissa sjukdomar. Läkare säger att mer forskning bör göras för att bekräfta bevis på dess effektivitet vid andra sjukdomar. Den mest accepterade användningen av aktivt kol är som behandlingar för förgiftning och överdoser.
Vissa läkare behandlar vuxna med orala doser av aktivt kol laxermedel för att snabbt rensa ut gifter från kroppen; Patienter som får denna behandling bör övervakas noggrant för diarré. De flesta läkare använder inte kollaxerande preparat med barn på grund av risk för elektrolytobalans. Aktivt kol är inte ett motgift för alla medicinöverdoser, men det är effektivt för kinin, karbamazepin och fenobarbitals, bland andra mediciner som listas i medicinska journaler. Används som motgift absorberar det aktiva kolet organiska kemikalier i magen innan kemikalierna kan spridas genom kroppen. Effektiviteten som motgift är dock beroende av mängden gift som intas och hur snabbt läkarvård tas emot.
Alternativ medicin utövare har andra användningsområden för aktivt kol; vissa använder det som ett allmänt avgiftande medel när de behandlar amfetamin- och kokainanvändning för rekreation, eller till och med som baksmälla för alkoholbruk. Dessutom, för de som har ansamlingar av gifter i sina system på grund av exponering för kemikalier och giftiga ämnen på jobbet, använder utövare aktivt kol tillsammans med specialdieter och bastur för att behandla nedsatt immunförsvar. Andra användningar av aktivt kol inkluderar bekämpning av blodpatogener som virus, skadliga bakterier och systemiska infektioner.
Vidare är mer experimentell medicinsk användning av aktivt kol fortfarande kontroversiell. En av dessa användningsområden syftar till att minska gallflödet hos gravida kvinnor. Vissa farmaceuter och kliniska teknologer rekommenderar dess användning för gasreducering i tarmen. Andra sjukvårdspersonal tror till och med att aktivt kol kan vara effektivt för att rena blodet från kolesterol; bevis har varit osäkra i tidiga tester av denna användning av en oral beredning av föreningen.