Ett apoteks roll inom vården är att kontrollera läkemedelstillgängligheten, dispensera läkemedel och säkerställa att säkerhetsföreskrifter för läkemedlen för patienterna uppfylls. Traditionellt har en farmaceut hittat, räknat och förpackat läkemedlen utan hjälp från automatiska system. Teknologiska framsteg och system finns också för apoteket som kan ta över vissa roller från apotekaren. Apoteksautomatisering kan potentiellt minska mänskliga fel och hålla kontroll över lagret, men robotsystem kan vara dyra att installera och underhålla.
På varje apotek är läkemedlen normalt under strikt kontroll. Apotekspersonalen håller ordning och reda på medicinerna, en roll som ett apoteksautomationssystem också kan fylla. En maskin kan hålla koll på lagret och även av detaljer som läkemedlets utgångsdatum. Med apoteksautomation kan lagret även förvaras säkert låst så att endast godkänd personal kan komma åt det, och flyttningarna kan även övervakas. Ibland måste en farmaceut räkna bort piller, men detta tidskrävande jobb kunde ersättas med en automatisk pillerräknare, som först fick en plats på apoteken på 1970-talet som en föregångare till mer komplex apoteksautomatisering.
Fel i medicinering är en betydande risk för apoteken, eftersom farmaceuten kan falla offer för mänskliga misstag. Med apoteksautomationssystem kan dock andelen felaktiga recept minskas. Istället för att en person misstar ett läkemedel för ett annat med ett liknande namn, kan maskinen istället läsa streckkoden för en produkt och visa information på en skärm. Om läkarens ordination också innehåller en streckkod, kan maskinen jämföra de två för extra noggrannhet.
Handskrivna recept kan också vara oläsliga, vilket innebär ytterligare en fara för patienten, om apotekaren ger ut fel medicin. Att använda ett apoteksautomationssystem som täcker både läkarmottagningen och apoteket kan förhindra detta problem. Möjliga funktioner för ett apoteksautomationssystem inkluderar möjligheten för apotekaren att få tillgång till mer information än vad som står i detalj på produktbilagan, om han eller hon behöver.
Om ett sjukhus eller en klinik har ett apoteksautomationssystem har det potential att minska fel och förhindra att patienter får farlig medicin. En patient kan ha ett automatiskt diagram över hans eller hennes sjukdom och de mediciner som är lämpliga för tillståndet, tillsammans med en lista över mediciner som inte är det. En sjuksköterska kan sedan skanna personens diagram för att få rätt läkemedel och säkerställa att olämpliga läkemedel inte ordineras av misstag.
Nackdelarna med ett automatiserat system inkluderar kostnaden för maskineriet, även om kostnaden kan kompenseras av en minskning av mängden personal som krävs för att kontrollera och ge ut drogerna. Dessutom kan automatiska system gå sönder, eller så kan människor kringgå dem och minska deras effektivitet genom att bryta mot användningsregler. Som exempel kan nämnas användning av annan persons legitimation eller att blanda ihop patientrecept.