Fördelarna med manukahonung relaterar generellt till hälsan, och honungen används ofta för sina antibakteriella egenskaper både internt och externt. Manuka-honung kan vara användbar för att öka hastigheten med vilken sår läker samt förhindra att de blir infekterade. Honungen används också ibland på brännskador för att hjälpa dem att läka snabbare och minska svårighetsgraden av ärrbildning. Fördelarna med manukahonung när den tas internt inkluderar att hjälpa till med matsmältningen samt att hjälpa till att lindra halsont och olika typer av inre infektioner. Även om de flesta experter är överens om att manukahonung kan vara användbar för att behandla alla typer av åkommor, behöver troligen mer forskning göras innan honungen rekommenderas allmänt som ett alternativ till mer konventionella typer av behandlingar.
En person med någon typ av sår eller skärsår kan ha nytta av att lägga en klick manukahonung på det drabbade området. Honungen kan inte bara fungera som en barriär för att förhindra infektion, utan den kan också döda alla bakterier som redan finns inuti såret på grund av dess naturliga antibakteriella egenskaper. Människor använder ofta manukahonung vid brännskador eftersom det kan påskynda läkningen och förhindra infektion. När sår behandlas med manukahonung innan bandage eller andra förband appliceras, kan det vara lättare att ta bort sårförbanden utan smärta eftersom honungen kan förhindra att bandagens klibbighet fäster på huden.
Människor som lider av matsmältningsproblem kanske kan skörda fördelarna med manukahonung i samband med matsmältningen. Magsjukdomar som orsakar kräkningar, diarré och magsmärtor kan lindras av manukahonung, särskilt om sjukdomen beror på en bakteriell infektion snarare än ett virus. Människor som lider av irritabel tarm, eller IBS, kan också dra nytta av att äta lite manukahonung varje dag. Det är redan allmänt känt att honung i allmänhet är användbart för halsont, men manukahonung kan vara särskilt användbart vid halsbesvär eftersom det kan hjälpa till att döda alla bakterier som kan vara ansvariga för halsont.
Trots de många möjliga fördelarna med manukahonung finns det några biverkningar relaterade till dess användning. Vissa människor upplever mindre hudirritation när de använder manukahonung på sår. Detta är sannolikt resultatet av de höga nivåerna av syra i honungen, som också kan orsaka en brännande eller stickande känsla när den appliceras. Det finns en liten risk för botulism från alla typer av honung, särskilt rå honung, och manukahonung är inget undantag från denna regel. Risken för botulism är mycket högre för barn under ett år på grund av deras outvecklade matsmältningssystem, och av denna anledning varnar läkare i allmänhet föräldrar att inte ge någon typ av honung till barn under ett år.