De vanligaste rapporterade astaxantinbiverkningarna är ofarliga pigmentförändringar, såsom en lätt orange nyans på huden eller avföringen. Även vid höga doser har inga toxiska effekter observerats, varken hos djur eller människor. Andra, mindre vanliga astaxantinbiverkningar har större inverkan, och biverkningar som lågt blodtryck och förskjutningar i hormonnivåer kan ha allvarliga hälsokonsekvenser.
Astaxanthin används oftast som tillsats till djurfoder, och det tillför pigment till krabbor, räkor, hummer och lax, vilket ger dem deras välbekanta rödaktiga orange färg. Som ett djurfodertillskott är astaxanthin allmänt erkänt som säkert, enligt USA:s federala förordningar, och de flesta människor kan konsumera skaldjur som matas med astaxantin utan någon reaktion alls. 1999 godkände den amerikanska livsmedels- och läkemedelsmyndigheten astaxantin som en livsmedelsingrediens för mänsklig konsumtion.
Som kosttillskott används astaxantin oftast som en antioxidant för att minska kolesterolet. Förespråkare rekommenderar också astaxantin för att förbättra ögonhälsan och behandla karpaltunnelsyndrom, artrit, muskelskada, gastrointestinala besvär och manlig infertilitet. Det bör dock noteras att det inte finns tillräckliga bevis för att stödja något av dessa påståenden, och det finns ingen bevisad hälsofördel med detta tillägg.
Vanliga astaxantinbiverkningar inkluderar ökad pigmentering, hårväxt, förskjutningar i hormonnivåer och lågt blodtryck. Minskade kalciumnivåer, minskad libido och bröstförstoring hos män har också observerats, men dessa astaxantinbiverkningar är mer sällsynta. Allergiska reaktioner är också möjliga och kan vara ganska farliga. Astaxanthin och astaxantinmatade livsmedel bör undvikas av alla med en känd allergi mot ämnet.
Läkemedelsinteraktioner är ett annat allvarligt problem. Till exempel kan blodtrycksmedicin förstärkas av astaxantin och kan få blodtrycket att sjunka farligt lågt. Hormonbehandlingar och preventivmedel kan påverkas av tillskottets effekter på hormonnivåerna. Liknande korsreaktioner har observerats med vissa antihistaminer, och astmamediciner kanske inte reagerar bra på astaxantin. Leverenzymer, som är ansvariga för att ta bort en mängd olika läkemedel från blodet, kan också påverkas, vilket resulterar i att ökade nivåer av dessa läkemedel kvarstår i cirkulationen.
Reaktioner är också möjliga med andra kosttillskott och naturläkemedel. Saw Palmetto, Black Cohosh eller andra mediciner som påverkar hormoner kan reagera oförutsägbart. Astaxanthinbiverkningar som lågt blodtryck och minskade kalciumnivåer kan förstärkas av substanser med liknande effekt. Användning av andra karotenoidantioxidanter, såsom betakaroten och lykopen, med astaxantin minskar absorptionen och rekommenderas inte.