Ciprofloxacin är ett antibiotikum och dödar bara vissa typer av bakterier. Sexuellt överförbara sjukdomar (STD) kan orsakas av en mängd olika infektioner, av vilka bakterier bara utgör en del. Av de bakteriella infektioner som läkare tidigare har använt ciprofloxacin för att behandla, har några blivit resistenta mot läkemedlet, så andra antibiotika kan vara nödvändiga. Från och med 2011 anses chancroid och den främst tropiska STD granulom inguinal behandlas av läkemedlet.
När en STD orsakas av ett virus är ciprofloxacin inte effektivt. Könssjukdomar som orsakas av virus inkluderar genital herpes, humant immunbristvirus (HIV) och genitala vårtor. Virus svarar vanligtvis inte på antibiotika.
Varje antibiotikum har också specifika verkningssätt och kan därför inte riktas mot alla bakteriearter. Till exempel orsakas klamydia av bakterien Chlamydia trachomatis, som ciprofloxacin inte kan rikta in sig på. Ciprofloxacin är också ineffektivt mot lymfogranuloma vereneum, som också orsakas av C. trachomatis.
Andra bakteriella sjukdomar som ciprofloxacin inte kan behandla är syfilis, där bakterien Treponema pallidum orsakar sjukdomen. Bakteriell vaginos är ett annat tillstånd som kan eller inte kan orsakas av en STD. Detta tillstånd svarar vanligtvis inte heller på en behandling som inkluderar ciprofloxacin. Trichomoniasis försvinner inte heller med ciprofloxacin, men i det här fallet beror det på att orsaksmedlet är en protozoparasit och inte en bakterie.
Bakterier kan utvecklas över tid och utveckla resistensmekanismer mot ett antibiotikum, och ciprofloxacin är inget undantag. Centers for Disease Control (CDC) i USA utfärdade ett uttalande 1998 som indikerade att ciprofloxacin var en av de effektiva behandlingarna för gonorré, men 2010 var bakterien som orsakar gonorré så resistent mot detta läkemedel att CDC rekommenderade att använda andra läkemedel, såsom ceftriaxon, istället.
Enligt 2010 CDC:s rekommendationer om behandlingsalternativ för STD är ciprofloxacin endast lämplig för behandling av chancroid och en sjukdom som främst förekommer i tropiska länder som kallas granuloma inguinale. När det gäller denna sjukdom är den orsakande bakterien Klebsiella granulomatis. Även om ciprofloxacin, från och med 2011, kan behandla dessa sjukdomar, uppstår ibland problem.
Med chancroid finns det några stammar som är resistenta mot läkemedlet. Med dessa specifika fall kan andra läkemedel, som azitromycin, kunna behandla infektionen framgångsrikt. Granuloma inguinale har också en tendens att återkomma, även om de initiala antibiotikabehandlingarna verkar framgångsrika. En annan nackdel med att använda ciprofloxacin för könssjukdomar är att det inte är säkert för gravida och ammande kvinnor.