Antiseptika och antibiotika tros ofta vara desamma på grund av deras gemensamma egenskaper, men det finns några viktiga skillnader som skiljer de två åt. Vanligtvis försvagar och bromsar antiseptika tillväxten av bakterier och andra mikroorganismer, vilket i sin tur hjälper till att förhindra att bakterierna orsakar ytterligare infektion. Antibiotika dödar dock faktiskt bakterier såväl som vissa typer av svampar och parasiter. Till skillnad från de flesta antiseptika kan bakterier bli resistenta mot antibiotika efter långvarig användning. Vissa antiseptika kan hindra läkningsprocessen och förvärra ett sårs tillstånd.
En av de primära skillnaderna mellan antiseptika och antibiotika är hur de fungerar mot bakterier och andra mikroorganismer. Antiseptika bromsar bara tillväxten av bakterier istället för att faktiskt döda den. Till skillnad från antibiotika är antiseptika också effektiva på andra mikroorganismer, vilket gör det potentiellt fördelaktigt för att bekämpa andra infektioner. Antibiotika dödar bakterierna, men tros vara ineffektiva mot många andra typer av infektioner. Man tror att antibiotika kan bekämpa vissa parasiter och svampar i kroppen, men de kräver normalt recept eftersom de anses vara starkare.
En viktig skillnad mellan antiseptika och antibiotika är att bakterier sannolikt utvecklar immunitet mot vissa antibiotika efter långvarig användning eller om antibiotikabehandlingen inte avslutades. Det är inte bekräftat att bakterier har samma reaktion vid långvarig antiseptisk användning. För att förhindra immunitet mot antibiotika, kan en sjukvårdspersonal rekommendera att helt slutföra antibiotikabehandlingen för att säkerställa att alla bakterier har dödats eller att använda olika antibiotika för vissa sjukdomar.
Vissa typer av antiseptika kan också hämma läkning och irritera huden och kräver ofta specifika användningsmetoder. Till exempel kan väteperoxid kräva att området torkar helt innan ett bandage används, medan fenol kan orsaka ytterligare skador på huden om ett bandage används. Det finns inga kända liknande biverkningar av antibiotika. Som sådan, om det finns ett alternativ att välja mellan antiseptika och antibiotika för att behandla hudsår, rekommenderas i allmänhet att använda en antibiotikakräm.
På grund av antiseptikas begränsade funktion används de vanligtvis topiskt för att förhindra att fler bakterier och andra mikroorganismer kommer in i öppna sår, men vissa orala antiseptika finns. Det finns några få sällsynta fall där antiseptika och antibiotika kan vara alternativ för att behandla samma infektion, såsom vissa urinvägsinfektioner. I detta fall kan svårighetsgraden och typen av urinvägsinfektion avgöra den exakta behandlingen. Antibiotika tas i första hand oralt, vanligtvis i form av penicillin, för att döda infektioner i kroppen. Det finns få antibiotika som kan tas lokalt, och som med orala antibiotika kräver de vanligtvis ett recept.