Borttagning av rootkit kan vara en svår och frustrerande process, även om det finns ett antal tips som kan göra processen lite lättare. Vissa säkerhetsprogram kan ganska tillförlitligt upptäcka och hantera rootkits som kan finnas på en dator, även om inte alla säkerhets- och antivirusprogram kan göra detta effektivt. Manuell borttagning av ett rootkit kan göras, även om detta kan vara opraktiskt för många datoranvändare. Borttagning av rootkit kan eventuellt kräva att en infekterad hårddisk formateras om helt och att alla operativsystem (OS) på enheten installeras om efteråt.
Ett rootkit är en typ av skadlig programvara, eller skadlig programvara, som kan få tillgång till ett datorsystem och installeras på olika nivåer av ett operativsystem. När ett rootkit väl finns på ett system fungerar det vanligtvis för att dölja andra former av skadlig programvara, såsom virus eller maskar, eller för att ge obehöriga användare tillgång till ett datorsystem genom en bakdörr. Borttagning av rootkit kan dock vara mycket svårt på grund av hur ett rootkit fungerar på ett datorsystem, och till och med upptäckt av ett befintligt rootkit är osannolikt genom vanliga antivirusskanningar. Den bästa och enklaste formen av borttagning av rootkit är förebyggande, vanligtvis genom användning av antivirus och andra säkerhetsprogram.
När ett rootkit finns på ett datorsystem kan dock borttagning av rootkit ibland hjälpas av ett säkerhetsprogram som är utformat för att ta bort rootkits. Många säkerhetssviter, som antivirusprogram med andra säkerhetsfunktioner, har inte de verktyg som krävs för att ta bort rootkits, så specialiserad programvara är ofta nödvändig. Denna programvara behöver vanligtvis köras från en enhet som inte är infekterad, till exempel från en CD-skiva (CD) eller en USB-hårddisk (Universal Serial Bus). Även denna typ av borttagning av rootkit kan dock misslyckas, beroende på rootkit och hur väl skyddat det är från säkerhetsprogramvara.
En av de mest effektiva formerna för borttagning av rootkit, även om den också är ganska drastisk, är att en infekterad hårddisk formateras om helt. Detta eliminerar all data som finns på enheten, inklusive OS-filer, eventuella program installerade på enheten, personliga filer som en användare har skapat och drivrutiner installerade på hårddisken. När hårddisken har formaterats om bör borttagningen av rootkit vara klar, och ett OS och andra filer kan installeras om och placeras på enheten. Återställning av filer från en infekterad enhet kan göras före omformatering, men detta måste göras noggrant för att säkerställa att rootkitet inte sprids till enheten som filerna kopieras till.