Hjärnstammen och lillhjärnan har individuella roller i kognitiva funktioner och motorisk kontroll. I likhet med andra delar av hjärnan, och kroppen som helhet, har hjärnstammen och lillhjärnan separata syften. När deras syften kombineras blir det uppenbart hur mycket hjärnstammen och lillhjärnan är beroende av varandra, och vice versa, i hjärnans övergripande funktion. Aktiviteten kan starta i ett område, eller den kan vara samtidigt.
Hjärnstammen ligger på baksidan av huvudet och hjärnan och är en sektion på toppen av ryggmärgen. Dess huvudansvar är att ge sensorisk och motorisk kontroll till halsen och ansiktet. Hjärnstammen rymmer alla nervförbindelser som går från hjärnan till resten av kroppen. Det kontrollerar det centrala nervsystemet, hjärtfunktionerna och andningen. Dessutom spelar hjärnstammen också en avgörande roll för att upprätthålla sömn-vaken-cykeln.
Däremot är lillhjärnan belägen vid den nedre hjärnregionen, sträckt under båda hemisfärerna, med en del av hjärnstammen som sitter framför. Lillhjärnan reglerar också motorisk kontroll, som länkar ihop hjärnstammen och lillhjärnan på ett sätt. Kognitiva funktioner, som språk, regleras av lillhjärnan. Det spelar också en roll i ett fåtal känsloreaktioner. Även om hjärnstammen har primär kontroll över att initiera rörelse. Lillhjärnan underlättar rörelser genom att hjälpa till att reglera timing och koordination.
Hjärnstammen och lillhjärnan kan vara ansvariga för att reglera olika funktioner, men de samverkar också. Om skada uppstår i lillhjärnan är det osannolikt att förlamning skulle bli ett resultat eftersom den huvudsakliga motorkontrollen hanteras av hjärnstammen. Skador på hjärnstammen kan dock leda till förlamning men det kan också orsaka brist på andra funktioner. I vissa fall kan lillhjärnan kompensera för små skador eller skador på hjärnstammen men bara om större kontroll inte hindras. På egen hand har lillhjärnan inte förmågan att fungera som hjärnstammen.
När hjärnstammen och lillhjärnan fungerar normalt är de beroende av varandra. Hjärnstammen spelar den mest inflytelserika rollen i de funktioner som båda organen utför. Lillhjärnan fungerar som det strukturella stödet genom att hjälpa till med samma funktioner som hjärnstammen, men inte i nästan samma kapacitet. Om det finns problem med något av organen är det troligt att motorkontrollen kommer att påverkas.