Ett säkert operativsystem syftar i allmänhet på en av två saker; ett operativsystem som fokuserar mycket på intern och extern säkerhet eller ett operativsystem som har extern säkerhetscertifiering. I båda fallen har dessa operativsystem en säkerhetsnivå som är högre än ett genomsnittligt system. Som ett resultat används ett säkert operativsystem i allmänhet på platser som lagrar viktig data eller som löper stor risk för attack.
Flera operativsystem fokuserar på säkerhet som en av sina huvudsakliga byggpunkter. Dessa system har ofta säkra funktioner och lätt kryptering inbyggd direkt i sin kod. Detta till skillnad från ett vanligt operativsystem som vanligtvis förlitar sig på tredjepartsprogram. Eftersom dessa program inte laddas som en del av operativsystemet finns det alltid ett litet fönster där man kan kringgå dem. På ett säkert operativsystem är skydden omöjliga att skilja och inte borttagbara från operativsystemet som helhet; därför är det mycket svårare att kringgå dem.
Vissa av dessa säkra operativsystem är designade för en specifik användning och inget annat. Till exempel är programmeringen inuti en hårdvarubrandvägg eller autentiseringsserver ofta en variant av ett vanligt operativsystem. I dessa fall existerar systemet fortfarande; det har helt enkelt reducerats till de nakna funktioner som krävs för säkerhetsprotokollen.
Vissa standardoperativsystem kommer att få ett godkännande från ett externt värdepapperssystem. Denna typ av säkra operativsystem påminner i allmänhet mycket om en vanlig användarversion, ofta med några små ändringar. Dessa ändringar gör vissa delar av systemet säkrare, men ändrar inte systemets övergripande metoder och funktioner.
I allmänhet används ett säkert operativsystem på en högriskplats. Operativsystemet kommer att ge en första nivå av försvar mot intrång och datastöld. Även med ett säkerhetsorienterat operativsystem är det inte ovanligt att hitta andra lager av kryptering och skydd på datorn. Dessa ytterligare tredjepartsprogram kommer att övervinna eventuella brister i de inbyggda programmen och skydda systemet ytterligare.
Även med ett säkert operativsystem spelar användaråtgärder en stor roll för den övergripande säkerheten. För den genomsnittliga användaren kommer säkerhet ofta i andra hand efter användbarhet. Som ett resultat kommer många användare att stänga av vissa säkerhetssystem när de kommer i vägen för deras datoranvändning. På många säkra system finns det säkerhetsåtgärder för att förhindra användarinterferens eller för att aktivera skydden automatiskt igen. Detta hjälper till att upprätthålla en grundläggande säkerhetsnivå, även när specifika operationer störs.