Encomienda var ett system som etablerades av spanjorerna under de första kolonisationsförsöken som genomfördes på Amerika och Filippinerna. Syftet var att skapa en arbetskraft för urbefolkningen i dessa områden samt tvinga katolsk religion på befolkningen. Kolonister från Europa fick en viss del av befolkningen som de skulle befästa. De infödda skulle arbeta för sitt nyfunna ledarskap, erbjuda hyllningar som guld och leverera mat. I gengäld skulle européerna lära dem spanska språket och religiösa sedvänjor.
Detta system användes först av Christopher Columbus på ön Hispaniola, nuvarande Haiti och Dominikanska republiken. Han använde ett vedergällningssystem mot de infödda som motstod principerna för encomienda, som ansågs vara hårda även med periodens mått mätt. Med hjälp av lokalbefolkningen började han bygga några av de första bosättningarna, men det slutade med att han decimerade befolkningen genom sjukdomar och undernäring.
Inom systemet med encomienda ansågs de infödda inte som slavar eller kontrakterade tjänare, utan i huvudsak avdelningar för européerna. När conquistadorerna fortsatte sin dominans över Latinamerika, skulle de gripa stammar och använda ledarna som marionetttjänstemän. Dessa populationer användes ofta också som förhandlingskort mellan spanska kolonister. Till exempel kan en person tilldela en viss grupps vård som en del av en hemgift i äktenskapet.
Många historiker pekar på fördelarna med encomienda som att stabilisera lokalbefolkningen i tider av stora omvälvningar. När krig, hungersnöd och sjukdomar spred sig över Amerika, höll systemet med arbete och hyllning den infödda befolkningen i linje samtidigt som den inte tände lågorna av fullständigt uppror mot koloniseringen. Under tidens gång, särskilt under 16- och 17-talen, resulterade encomienda i stora minskningar av indiska befolkningar.
Till skillnad från de engelska, holländska och franska systemen, som tvingade de infödda befolkningen från landområden, tillät det spanska systemet ursprungsbefolkningen att behålla sina geografiska regioner. Istället främjade encomienda en segmentering av de spanska kolonisterna i små befolkningscentra som styrde de infödda. Detta är anledningen till att, trots många grymheter, den infödda befolkningen fortfarande är starkt representerad i regionerna i Latinamerika när mycket av de indiangrupper i Nordamerika i praktiken förstördes.
Begreppet encomienda antogs av den spanska kronan 1503 under kolonisationens tidiga dagar. Det sattes först på plats för att belöna de militära tjänstemän som leder ansvaret för utforskning över hela Amerika. Systemet fungerade också till fördel för spanjorerna genom att hålla befolkningen i schack. Under loppet av de kommande två århundradena utvecklades praktiken till principer för tvångsarbete inte långt borta från slaveriet. På grund av detta faktum demonterade kronan effektivt konceptet 1720.