Ekologiskt odlade växter är de som produceras utan användning av konstgjorda produkter; typiskt gödningsmedel, bekämpningsmedel och herbicider. Istället måste allt som appliceras på sådana grödor ske naturligt, vilket ofta innebär att det krävs mer arbetskraft för att producera dessa grödor, men odlaren garanterar att de inte har berörts av konstgjorda kemikalier. Ekologisk alfalfa är en sådan gröda och kan odlas som foder för boskap som används för att producera mat eller förvandlas till kosttillskott för människor.
När man producerar ekologiska grödor kan ogräs bli ett allvarligt problem om de inte kontrolleras tillräckligt. En metod för att minimera tillväxten av ogräs är att hålla fältet planterat kontinuerligt med antingen organisk alfalfa eller en täckgröda, som havregräs. Denna metod håller området täckt med en önskvärd växt som vanligtvis kommer in tjock och växer snabbt, och kväver ut det mesta av ogräset innan de kan börja. Strax innan det är dags att plantera alfalfan plöjs havregräset under och får ruttna så att det även fungerar som gödsel, eller det som brukar kallas gröngödsel, och ger näring till den nya grödan.
Organisk lusern befruktas också ofta med gammal gödsel från häst- eller boskapsladugårdar, eller åldrad organisk kompost som kan innehålla ruttet gräsklipp och köksavfall samt annat växtmaterial. Det är viktigt att allt som tillsätts i komposten är organiskt, eftersom kemiska föroreningar i alla skeden av processen kan göra att den resulterande alfalfa inte längre är riktigt organisk. De flesta odlare av ekologiska grödor är noggranna med sådant och går långt för att undvika att icke-organiska material kommer i kontakt med deras grödor.
Eftersom kemiska bekämpningsmedel definitivt är konstgjorda måste odlare av ekologisk alfalfa hitta andra sätt att hantera de skadedjur som dras till fälten. En mycket populär metod är användningen av naturliga kontroller, särskilt rovinsekter som jagar de insekter som annars skulle kunna förstöra den organiska alfalfagrödan. Nyckelpigor, vissa getingar, piratbaggar och bönsyrsa används alla för att bekämpa olika skadedjur utan att behöva ta till kemikalier som kan vara farliga.
Trots den högre kostnaden för ekologisk lusern, delvis för att den är dyrare att producera, tycker många att det är värt den extra kostnaden för att undvika hälsoproblem som följer med så många av de konstgjorda produkter som är i vanligt bruk. När alfalfa används som djurfoder finns det ingen chans att ohälsosamma bekämpningsmedel eller andra kemikalier byggs upp i kött eller mjölk från livsmedelsproducerande djur. I vissa fall används ekologisk lusern för att göra ett näringstillskott för människor, och majoriteten av människor som väljer att använda sådana tillskott verkar föredra att produkten inte är gjord av alfalfa som har exponerats för potentiellt skadliga kemikalier.