Vissa skillnader mellan muffins och cupcakes är densitet, frosting och vilken mat som bakas inuti. Densiteten varierar mellan muffins och cupcakes, men muffins är nästan alltid tätare på grund av det extra mjölet som tillsätts. Dessutom brukar cupcakes ha frosting medan muffins inte har det. En annan skillnad mellan de två är att muffins kan innehålla matvaror som grönsaker och till och med kött, vilket är något som cupcakes vanligtvis saknar. Gränsen mellan dessa två saker kan dock vara suddig, särskilt med moderna kockar som inte är rädda för att bryta mot standardmatlagningsregler.
En stor skillnad mellan muffins och cupcakes är att muffins definieras som bröd, medan cupcakes definieras som små kakor. Muffins har generellt mycket mer mjöl än cupcakes, vilket gör dem tätare. Även om alla andra ingredienser var desamma, skulle densiteten hos en muffins sticka ut, även om utseendet är liknande. Ibland görs cupcakes tätare än vanligt, men de närmar sig vanligtvis inte densiteten hos en muffins. Dessutom är muffins vanligtvis åtminstone något större än en cupcake, medan cupcakesstorlekar i allmänhet är standard eller mini.
En annan skillnad mellan muffins och cupcakes är att cupcakes vanligtvis är frostade. Glasyren är ofta söt eller ibland salta, men finns den nästan alltid på en cupcake. Å andra sidan har muffins vanligtvis inte frosting. De äts vanligtvis vanligt eller med smör, fruktkonserver eller andra smaktillsatser. När muffins frostas används ofta mer näringsrika ingredienser, jämfört med frosting avsedd för dessertorienterade cupcakes.
Cupcakes brukar inte ha andra tillsatser än en och annan inbakad godis och frostingen som toppar kakan. Muffins, å andra sidan, innehåller ofta frukt, grönsaker eller olika andra rejäla livsmedel. Till skillnad från cupcakes är muffins ofta utformade för att vara mättande snarare än en dessert som erbjuds i slutet av en måltid. Generellt sett är cupcakes designade för att vara en efterrätt, medan muffins antingen kan vara avsedda som dessert eller en vanlig matvara.
Ibland är gränsen mellan muffins och cupcakes lite suddig. Muffins kan sötas, och ibland är muffins sötare än vanligt. Ibland skapas muffins med mindre mjöl än vanligt, och cupcakes kan vara tätare än vanligt. Vissa människor har svårt att skilja mellan muffins och cupcakes när båda är frostade.