Det finns många olika typer av äggfria muffins, vanligtvis bakade för dem som är allergiska mot ägg, medvetna om sin vikt, eller de som är veganer. Vissa val är de med frukt och grönsaker, som banan-, morots-, pumpa- och bärmuffins, eftersom frukterna och grönsakerna som ingår i receptet har sina egna juicer som gör muffinsen mjuka även utan ägg. Äggfria chokladmuffins är ett annat val, och för de mer hälsomedvetna ökenätare är helvete, havrekli och majsmuffins möjliga.
Bananmuffins är den typ av äggfria muffins som enkelt kan göras utan ägg eller äggersättningar. Konsistensen på muffinsen är vanligtvis fortfarande mjuk, även om den är svampigare jämfört med den tyngre konsistensen på bananmuffins som innehåller ägg. För en mjukare konsistens kan man använda övermogna bananer och muscovadosocker till receptet. Den äggfria versionen av morotsmuffinsen klarar sig också lätt utan ägg i receptet, även om vissa uppfinningsrika bagare använder ett par övermogna bananer som äggersättning. Att använda farinsocker i receptet hjälper också till att producera fuktiga partier av morotsmuffins.
Vissa äggfria muffins behöver däremot äggersättning i receptet, som pumpamuffinsen. Vissa recept använder silken tofu, den mjukaste typen av tofu, medan andra recept föreslår att man använder yoghurt, oavsett om det är mjölk eller soja. Flera recept inkluderar också produkter som kallas äggersättningsmedel som finns kommersiellt tillgängliga i stormarknader och hälsokostbutiker. Bärmuffins som blåbärs-, tranbärs- och jordgubbsmuffins kan också använda de tidigare nämnda äggersättningarna, men vissa recept använder helt enkelt äppelcidervinäger för att ersätta äggen. Detta resulterar dock i en muffins med lättare konsistens, som kan balanseras genom att tillsätta lite linfröpulver för att skapa en tyngre konsistens och lägga till mer fibrer.
Chokladmuffins fungerar bra för veganer och de som är allergiska mot ägg som fortfarande vill skämma bort sin söta tand. För att kompensera för frånvaron av ägg kan bagare använda lite vinäger, mörkt brunt socker och oliv- eller rapsolja eftersom de är tätare än andra matoljor. Kärnmjölk kan också tillsättas för rikare, fuktigare muffins. Spannmålsbaserade muffins har i allmänhet tunga konsistenser på grund av de fibrösa ingredienserna, så ägg används för att göra smeten mindre tät. Äppelcidervinäger, äppelmos eller den kommersiella äggersättningen kan användas som substitut för dessa typer av äggfria muffins.