Fullkornsmuffins innehåller en mängd olika fullkorn, som vete eller havre, samtidigt som de innehåller ingredienser som frukt, purerad pumpa, choklad eller russin. Frukostmuffins gjorda på fullkorn innehåller vanligtvis havregryn och en stund av mosad frukt, som bananer eller jordgubbar. De olika sorters fullkorn som används är råg, korn och sorghum, samt bovete, quinoa och andra glutenfria fullkornssorter. Eftersom fullkornsmuffins vanligtvis anses vara hälsosammare alternativ till sina motsvarigheter med vitt mjöl, marknadsförs många muffins gjorda med fullkorn av nutritionister och läkare för deras fiberinnehåll.
Muffins gjorda med fullkorn använder ofta fullkornsmjöl som den huvudsakliga basingrediensen, och tillsätter olika ingredienser som torkad eller färsk frukt och kryddor. Pumpafullkornsmuffins görs vanligtvis med såväl vetemjöl som mosad pumpa, kanel och ingefära och tillagas ofta under höstmånaderna. Glutenfria versioner av pumpamuffins kan fortfarande använda fullkorn, och ersätta vetemjölet med en glutenfri fullkornsmjöl eller mjöl. Quinoamjöl och sorghummjöl är två exempel på fullkornsmjöl som enkelt kan användas i alla glutenfria fullkornsmuffinsrecept.
Äppelmuffins med fullkorn är också populära, som vanligtvis innehåller färska äppelskivor, kanel och muskotnöt, samt en farinsocker-smuletoppning. Denna muffins kan serveras under kaffe eller te, och är också en populär bakad produkt som konsumeras under frukosten eller mellan måltiderna för ett mellanmål. Banannötsmuffins görs vanligtvis med fullkorn, som havregryn och fullkornsmjöl, och är mycket vanliga som frukostmuffins med sin söta och mättande konsistens. Oftare än inte innehåller majoriteten av fullkornsmuffins inte frosting som cupcakes och är tätare, vilket gör dem perfekta som en måltidsersättning.
Blåbärsmuffins gjorda med fullkorn använder i allmänhet allt fullkornsmjöl, eller ett glutenfritt fullkornsmjöl, tillsammans med mörkt brunt socker och färska eller frysta blåbär. Dessa typer av muffins är populära som snacks och görs vanligtvis under de varma sommarmånaderna. Eftersom fullkorn innehåller en betydande mängd fibrer och andra näringsämnen, rekommenderar de flesta nutritionister fullkornsmuffins framför sina motsvarigheter med vitt mjöl. Även om de anses vara hälsosammare, kan muffins gjorda med fullkorn fortfarande innehålla en hög mängd socker, vilket gör det viktigt att observera sockerhalten och att konsumera med måtta.