Pärlor finns i en mängd olika färger och nyanser, från vitt, krämfärgat och rosa till svart med blå, gröna eller lila övertoner. Många faktorer är ansvariga för färgen på en pärla, men det är för det mesta upp till slumpen. Ett ostron med svart läppar skapar vanligtvis inte en vit pärla, och det är mycket sällsynt att andra ostron producerar en svart pärla. Utöver det är det dock liten säkerhet om vilken färg pärlor du kan förvänta dig att skörda från vissa ostron eller vissa områden.
Materialet som utgör en pärla, känd som pärlemor, utsöndras av ostron som ett svar på ett irriterande ämne inuti skalet. Naturpärlor är extremt sällsynta och dyra och består av koncentriska lager av pärlemor runt ett eventuellt mikroskopiskt ursprungligt irriterande ämne, till exempel en sandbit. Odlade pärlor tillverkas genom att introducera en skalkärna, vanligtvis perfekt rund, och låta några lager pärlemor bildas runt den.
De faktorer som bidrar till färgen på en pärla är bland annat typen av ostron, tjockleken och antalet lager av pärlemor samt eventuellt spårämnen i ostronets vattenmiljö. En pärltillverkare kan också påverka pärlans färg till viss del genom att införa vävnad från ett annat ostron i värdostronet tillsammans med skalkärnan. Färgen på en pärla bestäms av en kombination av faktorer: basfärgen, övertonen och iriserande. Odlade pärlor färgas också ibland.
Ju tjockare pärlemor, desto rikare blir färgen på pärlan, och desto mer iriserande kommer den att visa. Tunn pärlemor tenderar att bli en mjölkaktig pärla med få övertoner. Iriserandet av en pärla beror på de överlappande lagren av genomskinlig pärlemor.
Färgen på en pärla kan eller kanske inte påverkar dess kostnad, även om enhetlighet i färg gör pärlor mer värdefulla. Svarta pärlor var tidigare ganska sällsynta och mycket värdefulla, men de är nu odlade och följaktligen mycket mer allmänt tillgängliga. Naturliga vita pärlor är sällsynta och mer värdefulla än odlade svarta pärlor. Den bästa färgen är till stor del en fråga om personligt val, eller vad som helst smickrar ens hudton, även om regionala preferenser finns och kan påverka priset.