Även om Alabama blev en stat 1819, började historien om dess statsflagga inte förrän 1861 när beslutet togs att bryta sig ur unionen. I januari 1861, vid secessionskonventionen, antogs den första statliga flaggan av Alabama av delegaterna. Den flaggan användes bara några veckor; i mars 1861 började Alabama istället använda den första av två förbundsstatsflaggor som sin egen. 1865, efter slutet av inbördeskriget, blev USA:s flagga Alabamas officiella flagga. Slutligen, 1891, designade Alabama och antog så småningom en unik flagga som har flugit över staten sedan dess.
Alabamas statliga flagga från 1861 designades i Montgomery av en liten grupp kvinnor. På ena sidan av flaggan visades figuren av Frihetsgudinnan med ett svärd i ena handen och en mindre flagga med bara en stjärna i den andra handen; orden ”Independent Now and Forever” dök upp ovanför figuren. Den andra sidan hade en hoprullad skallerorm tillsammans med en bomullsplanta med orden ”Touch Me Not” under denna skildring. Denna flagga kallas ibland för Secessionskonventionens flagga eller Republiken Alabamas flagga. Ungefär en månad efter att den antogs som Alabamas delstatsflagga, skadade en svår storm den, och flaggan togs bort och flögs aldrig igen.
Kort efter att den första delstatsflaggan av Alabama togs bort, valde staten att använda den konfedererade nationella flaggan. Vid officiella tillfällen flaggades konfederationens första nationella flagga eller andra nationella flagga. När inbördeskriget var över 1865 togs dessa flaggor bort och Alabama återgick till att använda USA:s flagga.
Alabama använde USA:s flagga fram till 1891 då en ny design för en statlig flagga beställdes. Slutligen, 1895, godkändes en ny flagga av den lagstiftande församlingen, som förblir Alabamas delstatsflagga idag. Den godkända designen mönstrades på Confederate Battle-flaggan och blev Alabamas andra officiella statsflagga.
Av alla de 50 statliga flaggorna är Alabamas en av de enklaste i design. Som antagits i lag är Alabamas flagga ett crimson St. Andrews kors placerat mot ett vitt fält. Färgerna som används i flaggan representerar mod och renhet, medan korset återspeglar en del av designen av den konfedererade stridsflaggan. Eftersom lagstiftningen inte anger om flaggan ska vara rektangulär eller kvadratisk, ses den åt båda hållen.