Historien om statens flagga Mississippi inkluderar delstatens avskiljande från unionen, återuppbyggnad och en omröstning på 21-talet för att ändra den gamla designen. Mississippi hade ingen flagga förrän den skiljde sig från unionen 1861 och skapade en för att representera den nya suveräna nationen Mississippi. År 1894 beslutade statens lagstiftande församling att skapa en ny flagga för att sammanfalla med statens plats i det återförenade landet. Den flaggan hade fungerat som Mississippis officiella statsflagga i 107 år när en omröstning hölls om huruvida den traditionella designen skulle ändras eller inte.
Mississippis folks beslut att avskilja sig från unionen ledde till behovet av en statlig flagga för Mississippi. De antog ursprungligen Bonnie Blue Flag som hade använts av den tidigare republiken Florida. Denna flagga var helt enkelt en blå bakgrund med en vit stjärna i mitten och var bara den officiella flaggan under ett par veckor. Lagstiftaren ändrade snabbt det genom att flytta den blå fyrkanten och den vita stjärnan till hörnet av en vit bakgrund, lägga till ett magnoliaträd i mitten och en röd stapel på sidan.
När staterna återförenades i slutet av inbördeskriget skapade Mississippi en ny flagga med en konfedererad stridsflagga i hörnet och en röd, en vit och en blå rand som gick över den. Denna flagga skickade ett blandat meddelande om dess ursprung. Till exempel såg den konfedererade stridsflaggan för de flesta ut som en symbol för Mississippis medlemskap i konfederationen, men den officiella beskrivningen av flaggan kallar den ett unionstorg. Det finns 13 stjärnor som fyller korset som kan symbolisera antingen de 13 ursprungliga kolonierna eller de 13 stater som var en del av konfederationen.
Denna typ av tvetydighet i betydelsen av statens flagga i Mississippi fick vissa människor att ifrågasätta dess giltighet på 20-talet. 2001 undertecknade guvernör Musgrove ett lagförslag som gjorde det möjligt för folket i Mississippi att rösta för att antingen behålla den gamla flaggan eller ändra till en ny design som skulle orsaka mindre kontrovers. Den nya designen hade samma röda, vita och blå ränder, men hörnfyrkanten ändrades till en blå bakgrund med 19 små stjärnor och en stor stjärna som representerade Mississippi och de 19 andra staterna som var en del av unionen 1817. En en överväldigande majoritet röstade för att Mississippis delstatsflagga skulle förbli som den hade varit i över 100 år.