Det finns flera för- och nackdelar som måste övervägas innan man bestämmer sig för en alternativ gymnasieutbildning. Den flexibla läroplanen, mindre klassstorlek, lägre skolkfrekvens och miljö med låg stress kan ge en miljö som främjar bättre lärande. Svårigheten att anpassa sig, minskat antal sociala interaktioner och negativa konnotationer förknippade med alternativ utbildning kan dock påverka hur eleven presterar utanför klassrummet.
Alternativ gymnasieutbildning kännetecknas av en modifierad läroplan som inte följer den som används i en vanlig folkhögskola. Läroplanen kan normalt anpassas för att matcha elevens inlärningstakt, vilket är särskilt fördelaktigt för begåvade elever och de som har svårt att lära sig. Ett exempel på detta kan vara en charterskola för begåvade, skapad för att utveckla elevernas akademiska och konstnärliga talanger.
Klassstorleken i en alternativ gymnasieskola är vanligtvis mindre än den i en genomsnittlig skola. Detta möjliggör en lägre förhållande mellan lärare och elev. Det lägre förhållandet underlättar större interaktion mellan lärare och elev och ger läraren möjlighet att ofta svara på elevens frågor. Elever som har svårt att interagera med ett stort antal kamrater kan trivas på en alternativ skola. Dessutom kan läraren fokusera mer på att korrigera vissa elevers felaktiga beteenden som vanligtvis ignoreras i en större klass.
Elever kan njuta av att studera på en alternativ gymnasieskola på grund av dess relativt avslappnade miljö. Frånvaron av ett stort antal elever och strikt läroplan kan leda till lägre stressnivåer som är mer gynnsamma för lärande. Alternativ gymnasieutbildning hindrar också eleverna från att ”falla mellan stolarna” genom att lägga mer vikt vid att utveckla elevens styrkor istället för att upprätthålla ett specifikt medelvärde. Studenter trivs med att studera och skolkfrekvensen minskar.
Å andra sidan kan övergången från en traditionell miljö till en alternativ skola vara upprörande för en elev, särskilt om övergången görs senare i gymnasiet snarare än i början. Den grupp som eleven var van vid kommer att vara frånvarande, vilket kan leda till anpassningssvårigheter. Detta gäller även när en elev går över från ett alternativt mellanstadium till ett vanligt gymnasium. Dessutom kan bristen på klassmångfald på en alternativ gymnasieskola också påverka hur eleven umgås i framtiden.
En annan nackdel är den stigmatisering som kan vara knuten till elever från en alternativ gymnasieskola. Alternativ gymnasieutbildning erbjuds vanligtvis som en sista utväg för elever i ”risk” som har svårt att fungera i en genomsnittlig klassmiljö. Dessutom kan en elev som tar examen från en alternativ gymnasieskola ha det tuffare att söka jobb.