Barn till fängslade föräldrar står inför många utmaningar. En av de allvarligaste är frånvaron av en förälder för att ta hand om dem och aktivt delta i deras uppfostran. Ofta skickas dessa barn för att bo hos släktingar, eller i vissa fall hamnar de i fosterhem. Bandet mellan den fängslade föräldern och barnet blir också lidande, eftersom många barn med fängslade föräldrar bara besöker sina föräldrar sällan, och vissa inte besöker alls. I många fall kan denna separation leda till anknytningsproblem såväl som problem med att hantera extrema känslor, inklusive ilska.
Ödet för barn till fängslade föräldrar beror ofta på den fängslade förälderns civilstånd. Om den förälder som är fängslad var gift eller till och med bodde tillsammans med barnets andra förälder kan detta åtminstone minimera omvälvningen av barnets hemliv. I sådant fall får barnet fortsätta att bo i familjehemmet med den kvarvarande föräldern. I det fall barnets föräldrar inte bott tillsammans får barnet gå och bo hos sin andra förälder under fängelsestraffet.
Tyvärr har många barn till fängslade föräldrar ingen annan förälder som de kan bo hos medan den förälder som hade vårdnaden är fängslad. I vissa fall kan den andra föräldern vara avliden. Ibland är dock den kvarvarande föräldern oförmögen eller ovillig att ta hand om barnet medan den andra föräldern sitter i fängelse. I sådant fall kan barn till fängslade föräldrar skickas till boende hos andra släktingar eller tas om hand av fosterföräldrar.
Förutom omvälvningar som påverkar levnadsarrangemangen, möter barn till fängslade föräldrar att förlora en förälders dagliga uppmärksamhet och omsorg. Faktum är att många barn till fängslade föräldrar inte bara förlorar den fängslade förälderns dagliga närvaro i sina liv utan lider också skada på det band de haft med föräldern. Ofta besöker barn till fängslade föräldrar sin fängslade förälder endast sällan eller inte alls. Dessutom är telefon och skriftlig kommunikation ofta minimal.
Barn till fängslade föräldrar kan också lida ekonomiskt och känslomässigt. I många fall har förlusten av den fängslade förälderns inkomst en direkt effekt på barnets livsstil. I ett hushåll med två föräldrar kan exempelvis en förälders inkomstbortfall leda till betydande ekonomiska svårigheter. Ofta kämpar barn till fängslade föräldrar också med känslomässig smärta, förvirring och ilska.