Det separata systemet är en form av fängelsedesign och filosofi som syftar till att förbättra reformprocessen för fångar genom isolering och brist på social interaktion. Detta system användes främst för att bygga ett antal fängelser där varje fånge skulle hållas i en separat enhet, vilket effektivt placerade varje fånge i isoleringscell. Isoleringen förstärktes ytterligare genom ett antal metoder som användes för att beröva en fånge hans eller hennes tidigare identitet. Detta separata system var tänkt som ett sätt att säkerställa att kriminella subkulturer och attityder inte kunde blomstra i fängelser.
Även kallat ”Pennsylvania-systemet” på grund av användningen av det separata systemet i Eastern State Penitentiary nära Philadelphia, Pennsylvania, var detta system ofta integrerat i designen av ett fängelse. Ett fängelse byggt med det separata systemet skulle vanligtvis se ut som en del av ett hjul som kan användas på en cykel eller vagn. Det skulle finnas ett centralkontor som skulle fungera som ett nav för fångvaktare och vaktmästare och från detta nav skulle ett antal vingar sträcka sig som ekrarna på ett hjul. Var och en av dessa flyglar inrymde de individuella cellerna där fångar skulle fängslas av sig själva.
Det separata systemet utformades för att minska interaktionen mellan fångar som ett sätt att förhindra bildandet av kriminella organisationer inom kommunala fängelsemiljöer. Denna design ansågs också påskynda reformeringen av fångar genom att hålla varje fånge isolerad och ge honom eller henne tid att reflektera över vad han eller hon hade gjort. För att ytterligare uppnå dessa mål hänvisades fångar i ett separat systemfängelse endast till med ett nummer, aldrig med namn, och fick nästan ingen kontakt med andra fångar. Även när de var utanför sina celler, under övningar, tränade de ofta i enskilda områden som höll fångarna från varandra.
Dessa individuella övningsområden var inte alltid praktiska och så många fängelser som använde det separata systemet skulle tillåta fångar att träna tillsammans med huvor som täckte deras ansikten. Fångarna var ofta fästa vid ett rep som höll alla fångar isär från varandra, och förväntades vara tysta medan de tränade. Även under religiösa gudstjänster tilläts fångar att uttrycka sig genom att bara sjunga, och de sattes i bås som gjorde det möjligt för prästen att se dem, men de kunde inte se varandra. Det separata systemet har påverkat utformningen av många moderna fängelser, även om ett ökat antal fångar har gjort konstant isolering opraktisk.