Ett militärfängelse är ett fängelse som byggts och underhålls av militären, som kan användas för att hålla medlemmar av militären som har begått brott som har att göra med militärtjänst, krigsfångar eller personer som är hot mot den nationella säkerheten. Förhållandena i denna typ av fängelse och sättet på vilket fängelset används beror på vilket land det gäller. I vissa områden kan fångar i den här typen av anläggningar få bättre behandling än fångar som har begått andra brott, särskilt eftersom det ofta finns strikta regler för etisk behandling av fångar som övervakas externt. Trots det kanske förhållandena i ett militärfängelse inte är så transparenta som de verkar, och fångar kan behandlas mycket dåligt i vissa fall.
De flesta länder har ett militärt fängelsesystem av något slag, men vissa är mer definierade än andra. Den första typen av militärfångar som är inhysta i denna typ av fängelse består av personer involverade i militären som har begått ett brott som har att göra med militären. Vanligtvis har dessa fångar dömts av en militärdomstol. I denna mening kan ett militärt fängelse användas för att straffa förövare.
Den andra typen av fångar som oftast är inhysta i ett militärfängelse är vanligtvis inte skyldiga till att ha begått ett brott inom militären, utan är snarare en fiende till nationen eller en fiendekombattant. Krigsfångar hålls vanligtvis i den här typen av fängelser, men detta är inte ett system som uttryckligen utformats för att straffa fångar. Det finns många internationella regler angående behandlingen av denna typ av fångar i fängelse, och att bryta mot dessa regler kan få förfärliga konsekvenser för ett land.
Vissa brottslingar kan anses vara särskilt farliga för en nation och kan också inhysas i ett militärt fängelse. Dessa brottslingar, som kan innefatta terrorister eller spioner, är ofta mer sårbara för dålig behandling än krigsfångar. Det anses ibland vara acceptabelt att förhöra denna typ av fångar för att få information. Bedömningen av den här typen av brottslingar är också komplex, så en fånge av det här slaget kanske inte ens är skyldig när han eller hon skickas till fängelse.
Kvalitet och rättvisa i ett militärt fängelse kan ofta anses representera etiken i en militär organisation själv. Dessa fängelser drivs helt av militären, och behandlingen av fångar speglar militärens attityd, eftersom den kan manifesteras utan direkt tillsyn. Att titta på beteendet inom ett militärfängelse kan därför användas för att tala om förändringar som behöver göras övergripande för att säkerställa att en militär organisation uppträder etiskt i all verksamhet.