Könsidentitet är ett komplicerat begrepp som ungefär motsvarar den kärntro som människor har om vad deras kön är och om vad de har rätt av samhället att göra utifrån samhälleliga uppfattningar om kön. Yttre eller genetiska matchande tecken bekräftar ofta den grundläggande övertygelsen. En kvinna som tror att hon är en kvinna har bevis för detta genom sin kromosomala makeup (två x-kromosomer) och det faktum att hon har bröst och en vagina. Män har liknande bevis på sin könsidentitet. Ibland blir saken mycket mer förvirrande eftersom den centrala könsidentiteten inte matchar kromosomerna eller exteriören, och detta gör att vissa människor känner sig könslösa eller som om de är instängda i fel typ av kropp.
Det finns fortfarande många frågor om hur människor formar sin könsidentitet. Kromosomer kan påverka en del av det, och andra delar av det kan utvecklas när barn föds och växer. Det är oklart varför identitet så ofta förknippas med fysiska vuxna tecken på ett specifikt kön. Varken unga pojkar eller unga flickor har bröst, könshår eller mer förstorade könsorgan, och ändå kan de se dessa saker som en del av kön.
Mer tydligt är att när barn väl utvecklar sin egen könsidentitet, förstärks sannolikt vad det omfattar av samhället från makrokosmos till mikrokosmos. Alla i ett samhälle får meddelanden om könens roller, och dessa kommer sannolikt att påverka en persons beslut om vad som är möjligt utifrån de traditionella värderingarna om hans eller hennes kön. Det finns alltid människor som bryter igenom mögeln och gör något som inte normalt tillskrivs könet, och dessa människor kan antingen ha en roll i att förändra tankar om kön, eller så kan de kritiseras för att agera okvinnligt eller omanligt.
Med många samhällen som har en ganska liberal attityd om kvinnors och mäns skiftande roller, finns det fortfarande utmaningar för människor med olika identitetsfrågor. En av de största utmaningarna i mer tillåtande samhällen står de som har en oöverträffad könsidentitet inifrån och ut. Antingen önskan att leva utan kön eller den starka övertygelsen att en person verkligen är ett annat kön än hans eller hennes fysiska jag kan visa sig vara mycket svårt. I västerländska samhällen tas denna fråga upp med större frekvens, och med tanke på resurserna kan en person som verkligen känner att han eller hon har fel kön genomgå en sexuell omplaceringsoperation, ta bort bevis för det ena könet och skapa bevis för det andra.
Att ta detta steg tas inte alltid emot väl av en persons familj eller hans samhälle. Dessutom finns det några inneboende fysiska svårigheter som kan vara ett problem för vissa människor, som att ta hormoner, som vanligtvis inte produceras av det specifika könet, i stort utbud. Dessa övergångar är mycket utmanande, och kliniker som erbjuder operation kräver ofta en viss mängd rådgivning före och efter eftersom sexuella omplaceringar är desorienterande och permanent. Vissa som tar detta steg rapporterar tillfredsställelse eftersom den inre känslan av kön äntligen matchar det yttre.