Det finns både fördelar och nackdelar med elektroniska journaler, även om många hävdar att positiva aspekter väger tyngre än negativa. Även om investeringen i den här typen av system till en början är kostsam, hävdar de flesta att denna kostnad över tiden kommer att resultera i större besparingar för både läkare och sjukförsäkringsbolag. Det tar också mycket tid att få pappersjournaler omvandlade till elektroniska, men dessa poster är mycket enklare att spåra och söka när detta väl är klart. Alla som använder dessa register måste dock använda kompatibla system, annars kan ingen av informationen delas.
Att föra journaler i elektronisk form kan spara mycket utrymme. Istället för att lagra enorma pappersfiler på patienter är alla register digitala och lagras på hårddiskar och/eller i externa datacenter. Detta representerar en liten andel av det utrymme som krävs för att lagra fysiska poster. Dessutom, även om de inte gör ett kontor helt pappersfritt, minskar elektroniska register mängden papper som behövs av medicinska kontor, sjukhus och försäkringsbolag.
En annan fördel med elektroniska journaler är möjligheten för alla medlemmar i ett vårdteam att samordna patientvården. Detta hjälper till att undvika onödiga upprepade tester, förhindrar att läkemedel som kan interagera dåligt skrivs ut och gör att alla i det medicinska teamet kan förstå tillvägagångssätten för att behandla ett tillstånd. En person med komplexa hälsoproblem kan träffa flera specialister och kan lätt bli förvirrad av överlappande eller motsatta råd. När specialister och primärvårdsläkare använder samma system bör alla i teamet vara medvetna om alla andra teammedlemmars åtgärder och rekommendationer.
Elektroniska register kan också spara tid. Medan tidigare uppgifter kunde faxas eller e-postas, var det i många fall en väntetid. När en läkare har omedelbar tillgång till all information om en patient, inklusive saker som röntgenstrålar, labbtester och information om recept eller allergier, har han eller hon befogenhet att agera direkt. Detta kan vara särskilt användbart i nödsituationer där en patient inte kan svara på frågor om hans eller hennes sjukdomshistoria på grund av extrem sjukdom eller skada.
Många vårdpersonal har en handstil som kan vara svår att läsa, och även om detta är en generalisering kan otydlig skrift leda till misstag. Inskriven information är mindre sannolikt att skapa förvirring. Elektroniska journaler utesluter dock inte enstaka stavfel, som också kan få allvarliga konsekvenser. Naturligtvis måste någon också mata in all patientens gamla information i systemet, vilket kan ta en betydande tid och kan lägga till fler fel i journalerna. En läkare kan också behöva ta ytterligare tid från sitt fulla schema för att granska dessa uppgifter.
Faktum är att en oro för användningen av elektroniska journaler är att medicinsk personal kan ha en betydande inlärningskurva när dessa program först används. En dålig maskinskrivare kan faktiskt ta lång tid att mata in ny information. Läkare måste ofta vara sina egna läkare, särskilt under ett kontorsbesök, och en som distraheras av förvirrande teknik kanske inte är lika uppmärksam på en patients symtom eller behov.
Det finns ingen enskild källa eller system för elektroniska journaler på de flesta ställen, så olika sjukhus och enskilda läkare använder inte alla samma program. Detta raderar fördelen med omedelbar information för alla i det medicinska teamet, eftersom ett program kanske inte samverkar med ett annat.
Vissa patienter uttrycker oro över att digitala register kan hackas och utnyttjas av andra. Eftersom en av de första övervägandena av medicinsk behandling är sekretess, kan det fortfarande vara fråga om hur många personer som kan ha tillgång till alla en persons journaler. Missbruk av privat medicinsk information kan skapa problem för dem som har tillstånd som de vill hålla privata.
Trots dessa farhågor försöker många läkare och sjukhus nu konvertera sina register till elektronisk form. Det är fortfarande oklart hur lång tid det kommer att ta för gamla filer med lång medicinsk historia att uppdateras. Det är inte heller klart när eller om det kommer att vara möjligt för de olika systemen att kommunicera med varandra.