Antigen manusia yang paling umum adalah faktor darah, yang menentukan golongan darah seseorang. Antigen manusia juga termasuk antigen yang membantu antibodi membelah dan menghancurkan protein asing yang dapat membahayakan tubuh seseorang. Antigen-antigen ini membantu tubuh membedakan sel-sel milik sistem seseorang dari sel-sel asing atau protein-protein yang perlu dibuang.
Sel darah manusia mungkin mengandung satu atau kedua dari dua antigen manusia. Antigen manusia ini disebut A dan B, dan ada atau tidaknya mereka menentukan golongan darah yang dimiliki seseorang. Orang dengan golongan darah A memiliki antigen manusia A, dan mereka yang bergolongan darah B, memiliki antigen manusia B. Seseorang dengan golongan darah AB memiliki keduanya, dan orang dengan golongan darah O tidak memiliki salah satu dari antigen ini pada sel darah merahnya . Ada juga antigen darah manusia yang menentukan apakah seseorang memiliki golongan darah positif atau negatif.
Kehadiran antigen golongan darah berarti bahwa antibodi yang sesuai tidak ada dalam sistem seseorang. Sebaliknya, tidak adanya antigen tertentu berarti bahwa orang tersebut membuat antibodi untuk antigen tertentu, itulah sebabnya transfusi darah tidak boleh diberikan jika mengandung antigen manusia yang biasanya tidak ada dalam tubuh pasien. Misalnya, seseorang dengan golongan darah A tidak boleh diberikan transfusi darah tipe B. Antigen darah yang tidak dikenal menimbulkan respons imun, yang dapat menyebabkan komplikasi serius atau bahkan kematian pasien.
Antigen manusia dibuat oleh sistem antigen leukosit manusia, yang membantu mengidentifikasi antigen milik protein asing. Sistem antigen leukosit manusia dikodekan pada asam deoksiribonukleat manusia (DNA) pada kromosom ke-6. Bagian DNA ini digunakan untuk membuat protein yang mengenali antigen. Proses mengidentifikasi antigen disebut presentasi antigen.
Sebagian besar antigen dalam tubuh manusia adalah antigen yang telah masuk ke dalam tubuh melalui udara, aliran darah, atau saluran pencernaan. Ini disebut antigen eksogen dan dianggap tidak bersahabat oleh sistem kekebalan manusia. Jenis antigen lain yang ada di dalam tubuh seseorang disebut antigen endogen. Mereka sering kali adalah penyerbu asing yang telah mengambil alih sel manusia yang sehat dan bereplikasi di dalamnya. Presentasi antigen memungkinkan penyerbu ini untuk diidentifikasi dan dihancurkan oleh antibodi dalam sistem kekebalan.