Mikroskop fluoresen adalah alat yang digunakan untuk memeriksa jumlah dan jenis fluoresensi yang dipancarkan oleh sampel. Tidak seperti mikroskop konvensional, mikroskop fluoresen menciptakan gambar yang dapat dibaca melalui penggunaan iradiasi dan filtrasi, daripada refleksi tradisional. Mikroskop jenis ini adalah alat vital dalam penelitian seluler dan genetik, termasuk dalam produksi gambar tiga dimensi mikroba.
Fluoresensi adalah fenomena yang terjadi ketika suatu bahan menjadi tereksitasi, atau lebih aktif, oleh paparan radiasi. Saat materi mulai tenang, energi yang diciptakan oleh kegembiraan dipancarkan sebagai cahaya. Dalam beberapa zat, fluoresensi adalah sifat alami, yang berarti tidak diperlukan penyinaran eksternal untuk menyebabkan emisi cahaya. Zat-zat lain tidak berpendar secara alami, tetapi dapat menjadi demikian jika tereksitasi oleh panjang gelombang cahaya yang tepat. Mikroskop fluoresen adalah sarana utama untuk menarik dan mengamati bahan-bahan tersebut.
Dalam mikroskop fluoresen, sampel dapat dipukul dengan cahaya yang dipilih secara khusus untuk membuat fluoresensi. Menggunakan filter, mikroskop memungkinkan hanya panjang gelombang yang dipilih untuk mencapai sampel, untuk memastikan reaksi terbaik. Sumber cahaya yang digunakan untuk membuat fluoresensi dapat bervariasi, tergantung pada jenis mikroskop fluoresen dan sampel. Salah satu sumber cahaya paling umum yang digunakan dalam mikroskop fluoresen adalah lampu uap merkuri, yang menghasilkan cahaya yang sangat terang. Jenis cahaya lain yang sering digunakan adalah lampu busur xenon, yang menghasilkan cahaya yang mirip dengan siang hari. Dalam beberapa situasi, laser, bukan lampu tradisional, dapat digunakan sebagai gantinya.
Setelah sampel tereksitasi, filter kedua diperlukan untuk menghalangi panjang gelombang awal cahaya. Dikenal sebagai beam-splitter, filter ini memantulkan cahaya pada panjang gelombang yang lebih rendah daripada yang digunakan untuk mengeksitasi sampel. Ini berarti bahwa gambar yang dibuat di mikroskop tidak akan terkontaminasi oleh sumber cahaya awal, karena cahaya dengan panjang gelombang yang lebih tinggi akan melewati pemecah berkas. Dengan demikian, gambar akhir yang dibuat hanya akan memantulkan cahaya fluoresen dari sampel itu sendiri.
Mikroskop fluoresen memiliki banyak aplikasi berbeda di seluruh dunia ilmiah. Paling sering, ini digunakan dalam studi sel dan mikro-organisme, karena dapat menunjukkan detail spesifik dalam sampel kecil dengan tingkat akurasi dan kejelasan yang tinggi. Peneliti medis dan biologi sering menggunakan mikroskop fluoresen untuk mempelajari DNA dan RNA, mempelajari tentang perilaku dan detail struktural sel, dan mempelajari antibodi untuk lebih memahami penyakit.