Pengikatan antigen adalah proses kekebalan di mana antibodi mengikat antigen. Antibodi adalah molekul kekebalan yang dimaksudkan untuk mengenali dan mengalahkan ancaman terhadap tubuh, seperti infeksi berbahaya; antigen adalah molekul “non-diri” yang dikenali oleh sistem kekebalan dan, secara umum, diserang oleh antibodi. Antigen mengikat reseptor imun di seluruh tubuh, umumnya di permukaan sel, dan memicu respons imun. Sifat pengikatan antigen juga dapat digunakan dalam pengaturan laboratorium, khususnya di bidang imunohistokimia. Dalam imunohistokimia, antibodi spesifik digunakan untuk menentukan prevalensi berbagai antigen dalam sampel jaringan.
Setiap antibodi terutama ditentukan oleh wilayah kecil di ujungnya, yang disebut sebagai situs pengikatan antigennya. Pengikatan antigen dan antibodi cenderung sangat spesifik; antibodi yang diberikan cenderung mengikat hanya satu jenis antigen. Situs pengikatan antigen adalah bagian dari antibodi yang menentukan antigen tertentu yang dapat diikatnya. Kebanyakan antibodi secara struktural sangat mirip di semua area kecuali tempat pengikatan. Spesifisitas antibodi ini berarti bahwa ada jutaan antibodi yang berbeda, yang masing-masing menargetkan antigen tertentu.
Pengikatan antigen dapat memiliki beberapa tujuan berbeda dalam proses sistem kekebalan alami. Dalam beberapa kasus, antibodi mengikat antigen untuk menunjukkan ke bagian lain dari sistem kekebalan bahwa itu adalah ancaman. Antibodi tidak menetralkan antigen dengan sendirinya; itu hanya berfungsi sebagai penanda untuk mekanisme kekebalan lainnya. Dalam kasus lain, antibodi benar-benar menetralkan antigen dengan mengikat bagian tertentu dari antigen yang membuatnya berbahaya. Pengikatan antigen, kemudian, merupakan proses sistem kekebalan yang penting yang tanpanya banyak patogen tidak dapat dihentikan secara efektif.
Spesifisitas pengikatan antigen juga penting untuk eksperimen laboratorium yang memanfaatkan interaksi antibodi-antigen, karena kekhususan antibodi yang diketahui dapat digunakan untuk mengidentifikasi antigen yang tidak diketahui. Antibodi diekspos ke sampel jaringan dan penanda fluoresen pada antibodi sering digunakan untuk menunjukkan apakah terjadi pengikatan atau tidak. Fluoresensi tinggi menunjukkan tingkat pengikatan antigen yang tinggi, sedangkan fluoresensi rendah menunjukkan tingkat pengikatan yang rendah. Antigen tertentu dalam sampel jaringan dapat berfungsi sebagai indikator untuk berbagai penyakit. Proses seperti itu dalam imunokimia sering ditujukan untuk mengembangkan metode diagnostik kimia yang efektif untuk mendiagnosis berbagai penyakit.