Microarray cDNA adalah metode untuk mencari tahu gen mana dalam sel yang aktif pada satu waktu. Hal ini berguna untuk membedakan gen yang bekerja secara berbeda pada berbagai jenis sel dan juga gen mana yang aktif dalam kondisi tertentu, seperti kanker. Nama cDNA berasal dari penggunaan sekuens asam deoksiribonukleat (DNA) kecil yang menempel pada sekuens asam ribonukleat (RNA) yang diekspresikan sel. Urutan DNA kecil ini saling melengkapi (c) dengan urutan RNA, karenanya lengket, dan mereka juga diberi label dengan tag fluoresen, sehingga peneliti dapat melihat urutan RNA mana yang diekspresikan dan sejauh mana.
Sel mengandung DNA sebagai cetak biru untuk semua protein yang dibutuhkan sel. Urutan DNA mewakili asam amino yang dibutuhkan tubuh untuk dikumpulkan dan dirangkai untuk membuat protein. Antara DNA dan pembuatan protein merupakan langkah perantara. Sel menyalin urutan gen ke dalam bentuk lain yang disebut messenger RNA (mRNA). Kemudian, mesin sel membaca mRNA sebagai instruksi untuk protein yang diinginkan.
Karena mRNA untuk gen tertentu tidak semuanya diekspresikan secara terus-menerus, ahli genetika dapat melihat apa yang diekspresikan dalam kondisi tertentu. Salah satu pendekatan yang berguna adalah membandingkan sel tumor dengan sel sehat dan melihat gen mana yang mengekspresikan mRNA secara berbeda dalam dua situasi. Informasi ini kemudian dapat mengarahkan para ilmuwan ke arah target perawatan. Jenis sel yang berbeda juga menghasilkan pola mRNA yang berbeda, karena setiap jenis sel memiliki tugas yang berbeda.
Dasar dari microarray cDNA adalah bahwa tes mengidentifikasi mRNA yang diekspresikan dari sampel ke sensitivitas yang memungkinkan eksperimen untuk mengetahui gen mana yang mengekspresikan lebih dari yang lain dan yang tidak mengekspresikan sama sekali. Karena microarray cDNA biasanya menguji ratusan ribu urutan mRNA, biasanya dilakukan oleh mesin. Analis tidak menggunakan mRNA yang dia ekstrak dari sel secara langsung melainkan membuat salinan mRNA itu sebagai urutan DNA.
Perusahaan komersial membuat pelat microarray cDNA untuk digunakan laboratorium. Mereka membuat urutan DNA yang sesuai dengan ratusan atau ribuan gen yang ingin diuji oleh peneliti dan menempatkan masing-masing secara individual ke dalam satu slide microarray. Ini mewakili semua gen yang mungkin dapat diekspresikan dalam kelompok itu.
Urutan pelengkap untuk mRNA yang peneliti ekstrak dari sel kemudian dibuat di laboratorium dengan menyalin RNA ke dalam DNA. Produk-produk ini memiliki urutan yang menempel pada DNA pada slide microarray yang akan menghasilkan mRNA. Analis kemudian menempelkan molekul fluoresen ke urutan cDNA ini.
Menutupi slide microarray dalam cDNA memungkinkan setiap urutan komplementer untuk saling menempel. Slide kemudian dicuci untuk menghilangkan cDNA yang tidak terikat. Pemindai kemudian mengukur jumlah fluoresensi, jika ada, pada setiap titik DNA. Gen yang mengekspresikan lebih banyak mRNA akan memiliki lebih banyak cDNA fluoresen yang terikat padanya daripada gen yang mengekspresikan lebih sedikit mRNA. Dengan cara ini, analis dapat mengetahui gen mana yang lebih aktif daripada yang lain dan membandingkan hasilnya dengan jenis sel yang berbeda.