Mikroskop confocal adalah jenis mikroskop fluoresen tertentu yang digunakan untuk mendapatkan gambar 2D dan 3D berkualitas tinggi. Dengan mikroskop fluoresen dasar (bidang lebar), cahaya dengan panjang gelombang tertentu, disinari pada spesimen, dan spesimen menyerap sebagian cahaya itu, dan memantulkan sisanya pada panjang gelombang yang lebih panjang. Cahaya dengan panjang gelombang yang lebih panjang melewati cermin dikroik, yang memungkinkan cahaya dengan panjang gelombang yang lebih panjang, tetapi bukan cahaya dengan panjang gelombang asli (yang lebih pendek) untuk melewatinya. Orang yang melihat sampel hanya melihat cahaya yang melewati cermin dikroik. Mikroskop fluoresen dasar menangkap cahaya dalam fokus dan tidak fokus, yang bekerja dengan baik untuk spesimen besar di mana resolusi sangat tinggi tidak diperlukan. Ini tidak bekerja dengan baik untuk melihat detail halus. Mikroskop confocal diperlukan untuk menangkap gambar fluoresen resolusi tinggi.
Mikroskop confocal menggunakan lubang jarum untuk menolak cahaya yang tidak fokus. Alih-alih cahaya melewati hanya melalui cermin dichroic, cahaya akan melewati cermin dichroic, dan lubang jarum, yang berarti bahwa orang yang melihat sampel hanya melihat satu titik sampel. Untuk melihat seluruh sampel, cermin bergerak memindai cahaya melintasi bidang persegi panjang sampel, dan komputer mengumpulkan cahaya yang dipancarkan saat spesimen dipindai. Pemindaian lengkap akan menghasilkan irisan optik, atau penampang melintang, dari spesimen. Jenis mikroskop ini disebut mikroskop pemindaian laser confocal, sebagian karena laser digunakan sebagai sumber cahaya.
Untuk membuat gambar 3D, beberapa pemindaian dilakukan, membuat beberapa “irisan” spesimen, dan komputer menggabungkan setiap irisan untuk membuat gambar tiga dimensi. Mikroskop dapat diprogram untuk memvariasikan ruang di antara irisan, tergantung pada seberapa tajam gambar 3D yang ingin diperoleh pengguna. Mikroskop juga dapat memvariasikan kecepatan pemindaian gambar, dengan pemindaian lambat memberikan resolusi lebih tinggi daripada pemindaian cepat.
Mikroskop confocal telah menjadi peralatan yang sangat umum digunakan di banyak laboratorium ilmu kehidupan. Mereka mahal, dan agak besar, dan sering memiliki ruangan yang didedikasikan untuk penggunaannya, karena ruangan harus gelap untuk mendapatkan gambar fluorescent yang baik. Meskipun mikroskop confocal paling sering digunakan untuk melihat sel dan struktur di dalam sel, mereka dapat digunakan untuk mendapatkan gambar spesimen fluoresen tiga dimensi, dan kadang-kadang digunakan untuk melihat bahan semikonduktor.