Fotomikrografi adalah praktik memotret objek atau makhluk mikroskopis, biasanya untuk tujuan ilmiah. Fotomikrografi banyak digunakan di laboratorium forensik dan penelitian medis, serta bidang lain yang memerlukan studi detail mikroskopis. Pada abad ke-19 dan ke-20, fotomikrograf, juga disebut mikrograf, diproduksi dengan menghubungkan atau menyelaraskan kamera film dengan mikroskop, suatu proses yang rumit. Teknologi digital telah memungkinkan kedua perangkat disinkronkan secara elektronik sehingga gambar langsung dapat dilihat secara real time.
Fotomikrografi dirintis pada tahun 1800-an, hanya beberapa dekade setelah pengenalan fotografi itu sendiri. Para ilmuwan dengan cepat menyadari bahwa fotomikrografi akan memfasilitasi studi tentang struktur sel, bakteri penyakit, dan materi mikroskopis lainnya. Ketika ilmu forensik mulai digunakan dalam penyelidikan kejahatan di awal abad ke-20, fotomikrografi menjadi alat penting untuk memeriksa bukti jejak, detail kecil yang dapat menghubungkan tersangka ke TKP.
Lensa zoom kamera dan mikroskop bekerja dengan prinsip dasar yang sama: menggunakan lensa pembesar, dan terkadang cermin, untuk memperbesar suatu titik sambil mempertahankan fokus yang jelas. Fotomikrografi awal melibatkan pengaturan kamera dan mikroskop yang kompleks. Dalam beberapa kasus, lensa kamera benar-benar dilepas, membuat mikroskop berfungsi secara efektif sebagai lensanya. Teknologi digital telah menghilangkan kebutuhan untuk penyelarasan perangkat yang melelahkan tersebut; gambar mikroskopis diproses sebagai data digital. Data ini dapat disimpan di komputer, disimpan sebagai gambar diam atau video, dan diperbesar di layar, semua saat objek masih di bawah mikroskop.
Fotomikrografi mungkin paling dikenal di zaman modern karena penggunaannya dalam memproses bukti jejak dari TKP. Bukti jejak dihasilkan dari partikel mikroskopis yang dihasilkan ketika dua zat melakukan kontak. Misalnya, seorang pria yang berjalan melintasi karpet akan mengumpulkan serat karpet di sepatunya, serta meninggalkan partikel kecil kotoran atau bahan lain dari sol sepatu di karpet itu sendiri. Memeriksa TKP, penyelidik dapat menggunakan fotomikrografi untuk menemukan elemen jejak ini dan menghubungkannya dengan tersangka. Kecuali bukti jejak sangat kuat, bukti lain harus diperoleh untuk menghukum tersangka di pengadilan.
Fotomikrografi sering digambarkan di acara kejahatan televisi seperti NCIS dan Bones, meskipun tidak selalu realistis. Photomicrography juga telah digunakan untuk membuat seni. Fotografer dan ilmuwan Roman Vishniac sering menampilkan mikrografnya di samping karya seninya, menginspirasi fotografer kemudian untuk mencari gambar keindahan mikroskopis. Salah satu gambar Vishniac yang paling revolusioner menggunakan fotomikrografi untuk menggambarkan dunia seperti yang dapat dilihat oleh serangga dengan mata yang beraneka ragam.