Ada sekitar 75,000 spesies jamur yang diidentifikasi secara ilmiah, dengan para ilmuwan percaya mungkin ada sebanyak satu juta spesies jamur yang belum teridentifikasi. Karena spesies yang berbeda mungkin terlihat sama secara dangkal, mengklasifikasikannya secara akurat sulit dilakukan, dan biasanya membutuhkan aplikasi alat molekuler seperti pengurutan DNA. Karena pengurutan DNA masih relatif mahal, bahkan untuk jamur dengan genom yang jauh lebih pendek daripada mamalia, kemungkinan akan memakan waktu beberapa dekade sebelum mayoritas diklasifikasikan dengan pasti.
Jenis umum termasuk jamur – yang tumbuh dalam untaian yang disebut hifa, jamur – tubuh buah koloni jamur, dan ragi – nama untuk jamur bersel tunggal. Namun, ini adalah istilah yang luas, dan kapang, ragi, dan jamur dapat ditemukan di beberapa kategori taksonomi. Klasifikasi jamur pada tingkat filum rumit, dan terus-menerus diubah. Jamur pertama kali salah diklasifikasikan sebagai tumbuhan, tetapi penyelidikan selanjutnya menemukan bahwa mereka sebenarnya memiliki lebih banyak kesamaan dengan hewan. Seperti tumbuhan dan hewan, mereka adalah eukariota.
Secara filogenetik, ada tujuh filum jamur. Yang pertama adalah Chytridiomycota, atau chytrids, bentuk paling primitif, dengan sekitar 1,000 spesies yang teridentifikasi. Ini menghasilkan spora dengan flagela (zoospora), dan mengejar amfibi, jagung, alfalfa, kentang, dan organisme rentan lainnya. Ini adalah yang paling mewakili jenis yang hidup sepanjang era Paleozoikum, terutama akuatik.
Blastocladiomycota adalah phlya kedua, hanya dibuat sebagai kategori yang berbeda pada tahun 2007. Seperti chytrids, mereka menggunakan zoospora untuk bereproduksi, dan parasit dari semua kelompok eukariotik utama. Filum ketiga, Neocallimastigomycota, adalah jamur anaerob yang terutama menempati perut ruminansia. Nama mereka mengandung akhiran Yunani yang mengacu pada cambuk, -mastix, karena banyak flagela mereka. Filum kedua dan ketiga awalnya salah diklasifikasikan sebagai chytrids.
Filum keempat adalah Zygomycota yang lebih dikenal, dinamai berdasarkan spora bulat yang mereka hasilkan. Jika Anda melihat jamur dengan titik-titik kecil di ujung hifa (filamen), itulah Zygomycota. Ada lebih dari 600 spesies dari genus ini, dan termasuk jamur roti hitam, salah satu yang paling sering terlihat oleh manusia. Lain adalah Pilobolus, yang mampu mengeluarkan spora beberapa meter di udara.
Filum kelima adalah Glomeromycota, yang dikenal sebagai jamur Arbuscular mycorrhizae (AM). Pada dasarnya, istilah itu berarti “jamur pohon.” Mereka dapat ditemukan dalam jumlah besar di akar lebih dari 80% keluarga tanaman vaskular. Hubungan ini bersifat simbiosis dan kuno, berlangsung setidaknya 460 juta tahun, hingga awal kehidupan tumbuhan di darat.
Filum keenam adalah Ascomycota, yang dikenal sebagai jamur kantung. Ini membuat kantung bola yang berbeda untuk menahan spora mereka, dan mengandung spesies terbanyak dari semua filum. Contohnya termasuk Penicillium, morels, truffle, ragi roti, lumut, embun tepung, dan banyak lainnya. Banyak dari filum ini bersifat patogen tanaman.
Filum ketujuh adalah Basidiomycota, atau jamur gada. Kelompok ini berisi jamur yang paling umum. Ini dibedakan dengan adanya struktur penghasil spora yang disebut basidium, lebih dikenal sebagai topi. Seiring dengan Ascomycota, mereka dikenal sebagai Jamur Tinggi.