Meskipun operasi laparoskopi menyebabkan kerusakan jaringan lebih sedikit daripada operasi terbuka, seperti halnya prosedur bedah lainnya, ada risiko komplikasi. Meskipun banyak dari komplikasi ini kecil dan mudah ditangani, mereka muncul pada 1-5 persen dari semua operasi laparoskopi, dan tingkat kematian untuk komplikasi laparoskopi adalah sekitar 0.05 persen. Beberapa komplikasi yang paling umum timbul dari reaksi merugikan terhadap anestesi, yang dapat mencakup komplikasi pernapasan dan aritmia jantung. Komplikasi laparoskopi umum lainnya termasuk infeksi, pneumonia, bronkitis, perdarahan berlebihan dan pembentukan jaringan parut. Komplikasi ini dapat terjadi setelah operasi terbuka atau operasi laparoskopi tetapi lebih jarang terjadi setelah laparoskopi.
Pembedahan laparoskopi dapat mengakibatkan cedera pada usus, organ perut, vena, dan arteri. Ahli bedah yang tidak berpengalaman mungkin secara tidak sengaja melubangi usus atau bagian lain dari saluran pencernaan dengan instrumen bedah yang panjang dan runcing yang mereka gunakan. Meskipun cedera ini jarang terjadi, mereka dapat menyebabkan kondisi yang berpotensi berbahaya yang disebut peritonitis, yaitu peradangan pada peritoneum. Dalam beberapa kasus, operasi lebih lanjut menggunakan sayatan yang lebih besar diperlukan untuk memperbaiki jaringan yang rusak atau menghentikan pendarahan.
Pasien juga dapat menderita luka bakar listrik yang tidak terlihat yang disebabkan oleh elektroda yang mengalirkan arus ke jaringan sekitarnya. Luka bakar ini dapat menyebabkan peritonitis. Pemantauan elektroda aktif menghilangkan risiko luka bakar listrik internal yang tidak disengaja.
Pasien yang memiliki gangguan pembekuan darah atau telah mengembangkan jaringan parut akibat operasi sebelumnya berada pada risiko yang lebih besar untuk komplikasi laparoskopi. Pasien yang memiliki indeks massa tubuh di bawah rata-rata juga memiliki risiko yang lebih besar. Ahli bedah mereka mungkin memilih untuk melakukan operasi terbuka sebagai gantinya, karena faktor-faktor ini.
Gas karbon dioksida yang digunakan untuk menggembungkan rongga perut selama operasi juga dapat menyebabkan komplikasi laparoskopi. Gas yang dingin dan kering dapat menyebabkan hipotermia dan trauma peritoneum. Risiko ini dikurangi dengan melembabkan dan menghangatkan gas karbon dioksida.
Pasien yang memiliki gangguan pernapasan mungkin tidak mentolerir perluasan rongga perut menggunakan karbon dioksida, sehingga memerlukan operasi terbuka. Komplikasi lebih lanjut disebabkan oleh gas karbon dioksida yang tersisa di rongga perut setelah operasi. Kantong gas mungkin naik di perut dan menekan diafragma, menyebabkan rasa sakit saat pasien bernafas. Ini biasanya merupakan kondisi sementara yang berkurang ketika jaringan tubuh menyerap kelebihan gas.
Herniasi usus insisional adalah komplikasi laparoskopi yang berpotensi serius lainnya yang dihasilkan dari penutupan yang tidak benar dari tempat port yang lebih besar dari 0.4 inci (10 mm) yang digunakan untuk memasukkan instrumen bedah selama operasi. Sangat penting bahwa fasia ditutup dengan benar. Gejala herniasi usus termasuk mual dan muntah intermiten.
Infeksi adalah komplikasi laparoskopi umum lainnya. Dalam kasus infeksi, antibiotik biasanya diberikan. Untuk menghindari komplikasi laparoskopi, beberapa ahli bedah meresepkan antibiotik sebelum operasi ketika ada peningkatan risiko infeksi karena respon imun pasien yang tidak mencukupi.