Prosedur untuk tonsilektomi melibatkan anestesi pasien, memasukkan tabung pernapasan hidung, menopang mulut terbuka, mengeluarkan amandel, dan menghentikan pendarahan. Tonsilektomi biasanya merupakan prosedur rawat jalan yang berlangsung selama satu jam, dan pemulihan membutuhkan waktu satu hingga dua minggu. Prosedur ini biasanya direkomendasikan ketika tonsilitis sering menyebabkan sleep apnea atau sulit menelan dan bernapas. Kelenjar gondok juga terkadang diangkat selama tonsilektomi.
Sebelum prosedur tonsilektomi dimulai, pasien diberikan obat penenang untuk membuat mereka rileks. Garis intravena akan ditempatkan di lengan untuk memberikan cairan dan antibiotik. Setelah berada di ruang operasi, prosedur pembedahan untuk tonsilektomi akan dimulai dengan memberikan anestesi umum. Untuk menjaga mulut tetap bersih untuk operasi, tabung pernapasan akan dililitkan melalui hidung dan kemudian turun ke tenggorokan. Mulut kemudian akan dibuka, lidah akan diluruskan dan, jika perlu, bagian belakang tenggorokan akan ditutup dengan kapas untuk mengumpulkan darah.
Ada beberapa cara yang bisa digunakan untuk menghilangkan amandel. Amandel dapat dipotong dengan pisau skalpel, laser, atau microdebrider, alat pemotong berputar dengan pengisap. Dua teknik baru yang kadang-kadang digunakan adalah memecah jaringan amandel menggunakan energi frekuensi radio atau menghancurkan jaringan amandel dengan probe panas listrik. Setelah amandel diangkat, pendarahan akan dihentikan dengan membakar luka atau menggunakan jahitan kecil. Prosedur tonsilektomi biasanya memakan waktu sekitar satu jam.
Setelah tonsilektomi, pasien akan ditempatkan di ruang pemulihan sampai anestesi hilang dan tabung pernapasan dapat dilepas. Kebanyakan tonsilektomi dilakukan sebagai prosedur rawat jalan atau hanya membutuhkan satu malam di rumah sakit. Setelah operasi, pasien akan diinstruksikan untuk sering minum, makan sedikit makanan lunak, dan akan diberikan obat pereda nyeri untuk digunakan sesuai kebutuhan. Rasa sakit langsung akan terasa di tenggorokan, rahang, dan leher. Nyeri tenggorokan dapat bertahan selama satu sampai dua minggu.
Kelenjar gondok adalah jaringan limfatik yang terletak tepat di atas amandel dan akan sering terinfeksi bersama dengan amandel. Ketika adenoiditis yang sering dan persisten terjadi bersamaan dengan tonsilitis, adenoiditis juga dapat diangkat selama tonsilektomi. Prosedur pembedahan sama untuk kedua ekstraksi, dan pengangkatan tambahan kelenjar gondok biasanya hanya memperpanjang operasi sekitar 30 menit.