Mengambil zolpidem pada kehamilan umumnya dianggap aman bila diperlukan untuk mengobati insomnia, tetapi pasien hamil sering didesak untuk mencoba pilihan lain terlebih dahulu. Ini karena obat ini telah diperingkatkan dalam Kategori Kehamilan C oleh Food and Drug Administration (FDA) AS. Ini mungkin karena penelitian pada hewan yang dilakukan pada zolpidem pada kehamilan telah menunjukkan beberapa efek samping yang merugikan, meskipun tidak ada penelitian yang terkontrol dengan baik pada manusia yang dapat mengatakan dengan pasti apakah itu aman. Secara umum, dokter hanya cenderung meresepkan obat ini untuk pasien hamil ketika insomnia cukup parah untuk memiliki efek negatif, di mana manfaatnya mungkin lebih besar daripada risikonya.
Penelitian pada hewan yang telah dilakukan dengan obat ini telah menunjukkan beberapa efek buruk bagi janin, meskipun hewan sering diberi dosis yang jauh lebih tinggi daripada yang biasanya didapat wanita hamil. Misalnya, beberapa subjek uji yang diberi zolpidem dosis tinggi selama kehamilan memiliki janin yang menunjukkan osifikasi tengkorak yang tidak lengkap. Selain itu, tingkat keguguran dan pertumbuhan janin terhambat semakin tinggi dengan meningkatnya dosis zolpidem. Namun, dalam banyak kasus, dosis zolpidem yang normal pada kehamilan belum terbukti memiliki efek negatif pada janin atau ibu.
Ada beberapa penelitian kecil yang dilakukan pada wanita yang menggunakan zolpidem selama kehamilan dan, sementara mereka tidak harus dikontrol dengan benar, hasil mereka menunjukkan ada beberapa risiko dalam menggunakan obat ini. Misalnya, beberapa wanita yang menggunakan obat selama trimester ketiga melaporkan depresi pernapasan parah pada bayi mereka yang baru lahir, tetapi ini biasanya dapat diobati saat berada di rumah sakit sehingga efeknya tidak jangka panjang. Kekhawatiran tambahan tentang zolpidem pada kehamilan adalah kemungkinan bahwa bayi akan lahir kecanduan obat. Kecanduan zolpidem yang baru lahir sering ditandai saat lahir dengan gejala penarikan yang mungkin termasuk berkeringat, muntah dan nyeri otot. Akhirnya, beberapa bayi yang baru lahir tampak lemas dan lemah saat lahir ketika mereka terpapar zolpidem di dalam rahim.
Ibu yang ingin menghindari kemungkinan efek ini didorong untuk mencari alternatif untuk mengambil zolpidem pada kehamilan dan hanya boleh menggunakan obat ini ketika insomnia mereka parah dan tidak ada lagi yang berhasil untuk mengobatinya. Dalam kebanyakan kasus, insomnia akan hilang setelah kehamilan; jika tidak, maka obat ini dapat diresepkan tanpa insiden. Namun, ibu menyusui harus mematuhi tindakan pencegahan yang sama seperti wanita hamil saat menggunakan obat ini, karena obat ini muncul dalam ASI, dan efeknya pada bayi yang menyusui tidak diketahui.